Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
MSH5O43196 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
MSH5O43196 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
MSH5O43196 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
MSH5O43196 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
MSH5O43196 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
MSH5O43196 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
MSH5O43196 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
MSH5O43196 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
MSH5O43196 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
MSH5O43196 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
MSH5O43196 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
MSH5O43196 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC34.07■■■■□ 3.04
MSH5O43196 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
MSH5O43196 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC34.06■■■■□ 3.04
MSH5O43196 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
MSH5O43196 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
MSH5O43196 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC34.04■■■■□ 3.04
MSH5O43196 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC34.04■■■■□ 3.04
MSH5O43196 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
MSH5O43196 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
MSH5O43196 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
MSH5O43196 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.02■■■■□ 3.04
MSH5O43196 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
MSH5O43196 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
MSH5O43196 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.04
MSH5O43196 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.04
MSH5O43196 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC34.01■■■■□ 3.03
MSH5O43196 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.03
MSH5O43196 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC34.01■■■■□ 3.03
MSH5O43196 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.03
MSH5O43196 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
MSH5O43196 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
MSH5O43196 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.99■■■■□ 3.03
MSH5O43196 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
MSH5O43196 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
MSH5O43196 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
MSH5O43196 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
MSH5O43196 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC33.97■■■■□ 3.03
MSH5O43196 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC33.96■■■■□ 3.03
MSH5O43196 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.96■■■■□ 3.03
MSH5O43196 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.96■■■■□ 3.03
MSH5O43196 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
MSH5O43196 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
MSH5O43196 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
MSH5O43196 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
MSH5O43196 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
MSH5O43196 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
MSH5O43196 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
MSH5O43196 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
MSH5O43196 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC33.92■■■■□ 3.02
MSH5O43196 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
MSH5O43196 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC33.92■■■■□ 3.02
MSH5O43196 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
MSH5O43196 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.91■■■■□ 3.02
MSH5O43196 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC33.91■■■■□ 3.02
MSH5O43196 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
MSH5O43196 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC33.9■■■■□ 3.02
MSH5O43196 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
MSH5O43196 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC33.9■■■■□ 3.02
MSH5O43196 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC33.89■■■■□ 3.02
MSH5O43196 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.89■■■■□ 3.02
MSH5O43196 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
MSH5O43196 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.88■■■■□ 3.01
MSH5O43196 Metazoa_SRP.96-201ENST00000621315 318 ntBASIC33.88■■■■□ 3.01
MSH5O43196 AP001002.2-201ENST00000625137 386 ntBASIC33.88■■■■□ 3.01
MSH5O43196 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
MSH5O43196 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
MSH5O43196 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.87■■■■□ 3.01
MSH5O43196 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC33.87■■■■□ 3.01
MSH5O43196 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
MSH5O43196 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
MSH5O43196 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC33.86■■■■□ 3.01
MSH5O43196 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC33.86■■■■□ 3.01
MSH5O43196 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
MSH5O43196 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC33.86■■■■□ 3.01
MSH5O43196 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
MSH5O43196 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
MSH5O43196 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC33.84■■■■□ 3.01
MSH5O43196 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
MSH5O43196 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC33.84■■■■□ 3.01
MSH5O43196 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC33.83■■■■□ 3.01
MSH5O43196 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.83■■■■□ 3.01
MSH5O43196 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
MSH5O43196 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
MSH5O43196 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.82■■■■□ 3
MSH5O43196 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
MSH5O43196 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC33.81■■■■□ 3
MSH5O43196 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC33.81■■■■□ 3
MSH5O43196 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC33.79■■■■□ 3
MSH5O43196 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC33.79■■■■□ 3
MSH5O43196 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC33.79■■■■□ 3
MSH5O43196 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.79■■■■□ 3
MSH5O43196 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
MSH5O43196 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
MSH5O43196 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.78■■■■□ 3
MSH5O43196 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
MSH5O43196 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
MSH5O43196 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
MSH5O43196 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC33.76■■■■□ 3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms