Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMCH1Q9UPQ0 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35 ms