Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP28Q96RU2 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP28Q96RU2 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms