Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC42Q96M95 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC42Q96M95 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC42Q96M95 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC42Q96M95 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC42Q96M95 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC42Q96M95 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC42Q96M95 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC42Q96M95 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC42Q96M95 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC42Q96M95 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC42Q96M95 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC42Q96M95 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC42Q96M95 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC42Q96M95 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC42Q96M95 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC42Q96M95 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC42Q96M95 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC42Q96M95 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC42Q96M95 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC42Q96M95 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC42Q96M95 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC42Q96M95 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC42Q96M95 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC42Q96M95 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms