Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
CCDC54Q8NEL0 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 SRRM2-201ENST00000301740 9353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC54Q8NEL0 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.6 ms