Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
SCN3AQ9NY46 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
SCN3AQ9NY46 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
SCN3AQ9NY46 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
SCN3AQ9NY46 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
SCN3AQ9NY46 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
SCN3AQ9NY46 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
SCN3AQ9NY46 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
SCN3AQ9NY46 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
SCN3AQ9NY46 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
SCN3AQ9NY46 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
SCN3AQ9NY46 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
SCN3AQ9NY46 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
SCN3AQ9NY46 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
SCN3AQ9NY46 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
SCN3AQ9NY46 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
SCN3AQ9NY46 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
SCN3AQ9NY46 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC18.7■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC18.66■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC18.66■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
SCN3AQ9NY46 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.6 ms