Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
RPUSD4Q96CM3 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 SYT15-202ENST00000374323 6428 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 KDM5C-204ENST00000375401 6031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
RPUSD4Q96CM3 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.2 ms