Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 CACNA2D4-203ENST00000444595 4450 ntTSL 1 (best)10.48□□□□□ -0.735e-7■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.794e-7■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 POLR3E-203ENST00000418581 2529 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.524e-7■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.434e-7■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 POLR3E-219ENST00000615879 3655 ntTSL 2 BASIC14.27□□□□□ -0.124e-7■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 POLR3E-201ENST00000299853 3697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.144e-7■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 POLR3E-208ENST00000564061 4800 ntTSL 1 (best)14.08□□□□□ -0.164e-7■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 IPO7-201ENST00000379719 6191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.253e-7■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 CCDC183-202ENST00000371682 1437 ntTSL 513.48□□□□□ -0.255e-7■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 ZNF335-201ENST00000322927 4430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.023e-7■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 NT5C-202ENST00000577523 776 ntTSL 217.66■□□□□ 0.428e-7■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.318e-7■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 NT5C-212ENST00000582744 921 ntTSL 215.35■□□□□ 0.058e-7■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 NT5C-204ENST00000578337 582 ntTSL 2 BASIC12.61□□□□□ -0.398e-7■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.691e-6■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 CARD10-203ENST00000406271 3127 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.121e-6■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.142e-8■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.271e-6■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 MINK1-204ENST00000571207 4569 ntTSL 516.88■□□□□ 0.293e-9■■■■■ 27.9
SF3A3Q12874 PCBP2-212ENST00000548190 581 ntTSL 510.01□□□□□ -0.812e-9■■■■■ 27.8
SF3A3Q12874 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.813e-9■■■■■ 27.8
SF3A3Q12874 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.493e-9■■■■■ 27.8
SF3A3Q12874 CYHR1-212ENST00000533764 853 ntTSL 218.09■□□□□ 0.493e-9■■■■■ 27.8
SF3A3Q12874 CYHR1-205ENST00000524623 592 ntTSL 1 (best)16.35■□□□□ 0.213e-9■■■■■ 27.8
SF3A3Q12874 CYHR1-210ENST00000530637 581 ntTSL 315.96■□□□□ 0.153e-9■■■■■ 27.8
SF3A3Q12874 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.073e-9■■■■■ 27.8
SF3A3Q12874 KIAA1522-205ENST00000468130 684 ntTSL 222.66■■□□□ 1.222e-7■■■■■ 27.8
SF3A3Q12874 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.792e-7■■■■■ 27.8
SF3A3Q12874 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.642e-7■■■■■ 27.8
SF3A3Q12874 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.642e-7■■■■■ 27.8
SF3A3Q12874 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.392e-7■■■■■ 27.8
SF3A3Q12874 AP2A2-216ENST00000529438 572 ntTSL 417.18■□□□□ 0.342e-7■■■■■ 27.8
SF3A3Q12874 AP2A2-206ENST00000525891 743 ntTSL 416.75■□□□□ 0.272e-7■■■■■ 27.8
SF3A3Q12874 AP2A2-208ENST00000526401 631 ntTSL 215.46■□□□□ 0.072e-7■■■■■ 27.8
SF3A3Q12874 ATP1A1-201ENST00000295598 3654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.122e-6■■■■■ 27.8
SF3A3Q12874 ATP1A1-211ENST00000537345 3763 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC12.57□□□□□ -0.42e-6■■■■■ 27.8
SF3A3Q12874 ATP1A1-203ENST00000369496 3572 ntTSL 2 BASIC7.75□□□□□ -1.172e-6■■■■■ 27.8
SF3A3Q12874 ENO1-202ENST00000464920 2266 ntTSL 1 (best)13.27□□□□□ -0.295e-7■■■■■ 27.8
SF3A3Q12874 AC005726.2-201ENST00000481916 2091 ntTSL 1 (best)22.17■■□□□ 1.142e-6■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 SPAG5-201ENST00000321765 4040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.262e-6■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 HS3ST5-201ENST00000312719 3901 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -02e-6■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 HS3ST5-202ENST00000411826 2744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.81□□□□□ -0.842e-6■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 TCIRG1-206ENST00000527530 529 ntTSL 317.99■□□□□ 0.471e-8■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.962e-6■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.942e-6■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.772e-6■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 EXOC3L4-206ENST00000560304 657 ntTSL 319.84■□□□□ 0.778e-7■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 EXOC3L4-204ENST00000559693 813 ntTSL 316.56■□□□□ 0.248e-7■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 RIPK1-201ENST00000259808 4160 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.352e-6■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 RIPK1-203ENST00000479389 1481 ntTSL 314.31□□□□□ -0.122e-6■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 RIPK1-202ENST00000380409 3864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.97□□□□□ -1.292e-6■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 P4HB-215ENST00000571507 493 ntTSL 24.67□□□□□ -1.662e-7■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 SFXN5-222ENST00000497144 598 ntTSL 416.89■□□□□ 0.299e-7■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 NGDN-210ENST00000556580 629 ntTSL 26.22□□□□□ -1.419e-7■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 ROGDI-202ENST00000585653 728 ntTSL 526.27■■□□□ 1.82e-6■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.192e-6■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 ROGDI-209ENST00000587843 1362 ntTSL 222.25■■□□□ 1.152e-6■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 ROGDI-210ENST00000588201 1530 ntTSL 522.01■■□□□ 1.112e-6■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 ROGDI-213ENST00000591292 2684 ntTSL 219.2■□□□□ 0.662e-6■■■■■ 27.7
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SF3A3Q12874 ROGDI-208ENST00000587711 570 ntTSL 516.03■□□□□ 0.162e-6■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 ROGDI-211ENST00000589543 713 ntTSL 514.71□□□□□ -0.052e-6■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 ROGDI-205ENST00000586336 893 ntTSL 312.38□□□□□ -0.432e-6■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.912e-6■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 SBF1-204ENST00000418590 1578 ntTSL 1 (best)15.68■□□□□ 0.12e-6■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 IL32-221ENST00000532247 1381 ntTSL 1 (best)15.11■□□□□ 0.011e-8■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 DDX39A-206ENST00000587730 1813 ntTSL 1 (best)19.6■□□□□ 0.738e-9■■■■■ 27.7
SF3A3Q12874 PC-202ENST00000393958 4005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.61e-7■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 PC-203ENST00000393960 4192 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.15□□□□□ -0.621e-7■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 PC-201ENST00000393955 4004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.64□□□□□ -0.711e-7■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 GPS1-225ENST00000585084 997 ntTSL 324.5■■□□□ 1.511e-9■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 GPS1-223ENST00000584229 535 ntTSL 323.15■■□□□ 1.31e-9■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 GPS1-214ENST00000581418 580 ntTSL 216.52■□□□□ 0.241e-9■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 GPS1-221ENST00000583961 581 ntTSL 516.1■□□□□ 0.171e-9■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 GPS1-216ENST00000582327 561 ntTSL 415.52■□□□□ 0.081e-9■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 GPS1-212ENST00000580716 567 ntTSL 415.52■□□□□ 0.081e-9■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 GPS1-209ENST00000578642 579 ntTSL 415.22■□□□□ 0.031e-9■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 GPS1-207ENST00000578392 552 ntTSL 414.9□□□□□ -0.021e-9■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 GPS1-211ENST00000580627 543 ntTSL 414.71□□□□□ -0.051e-9■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 GPS1-213ENST00000580723 594 ntTSL 414.22□□□□□ -0.131e-9■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 GPS1-219ENST00000583641 795 ntTSL 214.06□□□□□ -0.161e-9■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 GPS1-210ENST00000580141 924 ntTSL 513.91□□□□□ -0.181e-9■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 GPS1-215ENST00000581578 470 ntTSL 411.87□□□□□ -0.511e-9■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 GPS1-220ENST00000583885 594 ntTSL 411.07□□□□□ -0.641e-9■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 GPS1-217ENST00000583009 574 ntTSL 410.96□□□□□ -0.651e-9■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 AGRN-201ENST00000379370 7323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.133e-7■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 AGRN-210ENST00000620552 7394 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.073e-7■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 C9orf3-212ENST00000468164 849 ntTSL 511.7□□□□□ -0.544e-7■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.389e-7■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.29e-7■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 GAS8-204ENST00000540721 1308 ntTSL 216.68■□□□□ 0.266e-9■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 AMBP-201ENST00000265132 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.031e-11■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 PSPH-207ENST00000421626 826 ntTSL 414.78□□□□□ -0.049e-7■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 SMARCA4-208ENST00000585799 3842 ntTSL 213.46□□□□□ -0.263e-6■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 SMARCA4-217ENST00000591595 3377 ntTSL 213.21□□□□□ -0.293e-6■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 PSPH-210ENST00000437355 1409 ntTSL 513.08□□□□□ -0.329e-7■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 GAS8-218ENST00000569399 856 ntTSL 211.52□□□□□ -0.576e-9■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 PSPH-211ENST00000459834 692 ntTSL 38.73□□□□□ -1.019e-7■■■■■ 27.6
SF3A3Q12874 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.743e-6■■■■■ 27.6
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