Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS4AQ9UN37 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS4AQ9UN37 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
VPS4AQ9UN37 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
VPS4AQ9UN37 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS4AQ9UN37 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS4AQ9UN37 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS4AQ9UN37 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS4AQ9UN37 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS4AQ9UN37 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS4AQ9UN37 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS4AQ9UN37 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS4AQ9UN37 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS4AQ9UN37 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS4AQ9UN37 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS4AQ9UN37 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS4AQ9UN37 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS4AQ9UN37 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS4AQ9UN37 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS4AQ9UN37 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS4AQ9UN37 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS4AQ9UN37 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS4AQ9UN37 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS4AQ9UN37 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS4AQ9UN37 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS4AQ9UN37 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS4AQ9UN37 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS4AQ9UN37 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS4AQ9UN37 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS4AQ9UN37 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS4AQ9UN37 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS4AQ9UN37 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS4AQ9UN37 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS4AQ9UN37 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS4AQ9UN37 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS4AQ9UN37 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS4AQ9UN37 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS4AQ9UN37 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS4AQ9UN37 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS4AQ9UN37 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS4AQ9UN37 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS4AQ9UN37 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS4AQ9UN37 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.56
VPS4AQ9UN37 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
VPS4AQ9UN37 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS4AQ9UN37 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.5 ms