Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCL28Q9NRJ3 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCL28Q9NRJ3 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCL28Q9NRJ3 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.7 ms