Protein–RNA interactions for Protein: Q99250

SCN2A, Sodium channel protein type 2 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,005 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN2AQ99250 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN2AQ99250 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN2AQ99250 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN2AQ99250 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN2AQ99250 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN2AQ99250 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN2AQ99250 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN2AQ99250 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.58■■□□□ 1.52
SCN2AQ99250 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN2AQ99250 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN2AQ99250 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN2AQ99250 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN2AQ99250 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN2AQ99250 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN2AQ99250 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN2AQ99250 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN2AQ99250 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN2AQ99250 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN2AQ99250 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN2AQ99250 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SCN2AQ99250 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SCN2AQ99250 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN2AQ99250 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN2AQ99250 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SCN2AQ99250 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
SCN2AQ99250 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SCN2AQ99250 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SCN2AQ99250 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SCN2AQ99250 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN2AQ99250 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN2AQ99250 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN2AQ99250 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN2AQ99250 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN2AQ99250 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN2AQ99250 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN2AQ99250 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN2AQ99250 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN2AQ99250 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN2AQ99250 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SCN2AQ99250 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN2AQ99250 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN2AQ99250 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN2AQ99250 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN2AQ99250 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN2AQ99250 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SCN2AQ99250 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN2AQ99250 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN2AQ99250 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN2AQ99250 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN2AQ99250 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN2AQ99250 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SCN2AQ99250 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SCN2AQ99250 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN2AQ99250 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN2AQ99250 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN2AQ99250 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
SCN2AQ99250 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SCN2AQ99250 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SCN2AQ99250 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SCN2AQ99250 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
SCN2AQ99250 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SCN2AQ99250 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN2AQ99250 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN2AQ99250 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN2AQ99250 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN2AQ99250 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN2AQ99250 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN2AQ99250 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN2AQ99250 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN2AQ99250 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN2AQ99250 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN2AQ99250 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SCN2AQ99250 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN2AQ99250 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN2AQ99250 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN2AQ99250 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN2AQ99250 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms