Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
ZNF540Q8NDQ6 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
ZNF540Q8NDQ6 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
ZNF540Q8NDQ6 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
ZNF540Q8NDQ6 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
ZNF540Q8NDQ6 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
ZNF540Q8NDQ6 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
ZNF540Q8NDQ6 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
ZNF540Q8NDQ6 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
ZNF540Q8NDQ6 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
ZNF540Q8NDQ6 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
ZNF540Q8NDQ6 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
ZNF540Q8NDQ6 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
ZNF540Q8NDQ6 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
ZNF540Q8NDQ6 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
ZNF540Q8NDQ6 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
ZNF540Q8NDQ6 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
ZNF540Q8NDQ6 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
ZNF540Q8NDQ6 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
ZNF540Q8NDQ6 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
ZNF540Q8NDQ6 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
ZNF540Q8NDQ6 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
ZNF540Q8NDQ6 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
ZNF540Q8NDQ6 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.74■■□□□ 1.39
ZNF540Q8NDQ6 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
ZNF540Q8NDQ6 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
ZNF540Q8NDQ6 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
ZNF540Q8NDQ6 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
ZNF540Q8NDQ6 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
ZNF540Q8NDQ6 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
ZNF540Q8NDQ6 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
ZNF540Q8NDQ6 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
ZNF540Q8NDQ6 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
ZNF540Q8NDQ6 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
ZNF540Q8NDQ6 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
ZNF540Q8NDQ6 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZNF540Q8NDQ6 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZNF540Q8NDQ6 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZNF540Q8NDQ6 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZNF540Q8NDQ6 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
ZNF540Q8NDQ6 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
ZNF540Q8NDQ6 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
ZNF540Q8NDQ6 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
ZNF540Q8NDQ6 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
ZNF540Q8NDQ6 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
ZNF540Q8NDQ6 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
ZNF540Q8NDQ6 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
ZNF540Q8NDQ6 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
ZNF540Q8NDQ6 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
ZNF540Q8NDQ6 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
ZNF540Q8NDQ6 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
ZNF540Q8NDQ6 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
ZNF540Q8NDQ6 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
ZNF540Q8NDQ6 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
ZNF540Q8NDQ6 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
ZNF540Q8NDQ6 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
ZNF540Q8NDQ6 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
ZNF540Q8NDQ6 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
ZNF540Q8NDQ6 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
ZNF540Q8NDQ6 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
ZNF540Q8NDQ6 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
ZNF540Q8NDQ6 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
ZNF540Q8NDQ6 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
ZNF540Q8NDQ6 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
ZNF540Q8NDQ6 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
ZNF540Q8NDQ6 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
ZNF540Q8NDQ6 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
ZNF540Q8NDQ6 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
ZNF540Q8NDQ6 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
ZNF540Q8NDQ6 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 153.7 ms