Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
SF3A1Q15459 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
SF3A1Q15459 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
SF3A1Q15459 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
SF3A1Q15459 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
SF3A1Q15459 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
SF3A1Q15459 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
SF3A1Q15459 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC29.76■■■□□ 2.36
SF3A1Q15459 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.76■■■□□ 2.35
SF3A1Q15459 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
SF3A1Q15459 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC29.76■■■□□ 2.35
SF3A1Q15459 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
SF3A1Q15459 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC29.76■■■□□ 2.35
SF3A1Q15459 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
SF3A1Q15459 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
SF3A1Q15459 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
SF3A1Q15459 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
SF3A1Q15459 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC29.73■■■□□ 2.35
SF3A1Q15459 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.73■■■□□ 2.35
SF3A1Q15459 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
SF3A1Q15459 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC29.72■■■□□ 2.35
SF3A1Q15459 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
SF3A1Q15459 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
SF3A1Q15459 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
SF3A1Q15459 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
SF3A1Q15459 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
SF3A1Q15459 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
SF3A1Q15459 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
SF3A1Q15459 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
SF3A1Q15459 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
SF3A1Q15459 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC29.66■■■□□ 2.34
SF3A1Q15459 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
SF3A1Q15459 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
SF3A1Q15459 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC29.66■■■□□ 2.34
SF3A1Q15459 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
SF3A1Q15459 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
SF3A1Q15459 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC29.65■■■□□ 2.34
SF3A1Q15459 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
SF3A1Q15459 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
SF3A1Q15459 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
SF3A1Q15459 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
SF3A1Q15459 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
SF3A1Q15459 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.63■■■□□ 2.33
SF3A1Q15459 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC29.63■■■□□ 2.33
SF3A1Q15459 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
SF3A1Q15459 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC29.62■■■□□ 2.33
SF3A1Q15459 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
SF3A1Q15459 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
SF3A1Q15459 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
SF3A1Q15459 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
SF3A1Q15459 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SF3A1Q15459 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC29.6■■■□□ 2.33
SF3A1Q15459 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SF3A1Q15459 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
SF3A1Q15459 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC29.59■■■□□ 2.33
SF3A1Q15459 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.59■■■□□ 2.33
SF3A1Q15459 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC29.58■■■□□ 2.33
SF3A1Q15459 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
SF3A1Q15459 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
SF3A1Q15459 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
SF3A1Q15459 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
SF3A1Q15459 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
SF3A1Q15459 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
SF3A1Q15459 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
SF3A1Q15459 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC29.56■■■□□ 2.32
SF3A1Q15459 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SF3A1Q15459 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
SF3A1Q15459 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SF3A1Q15459 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SF3A1Q15459 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
SF3A1Q15459 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
SF3A1Q15459 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
SF3A1Q15459 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
SF3A1Q15459 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
SF3A1Q15459 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
SF3A1Q15459 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
SF3A1Q15459 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
SF3A1Q15459 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
SF3A1Q15459 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
SF3A1Q15459 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
SF3A1Q15459 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
SF3A1Q15459 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
SF3A1Q15459 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
SF3A1Q15459 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
SF3A1Q15459 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
SF3A1Q15459 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
SF3A1Q15459 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
SF3A1Q15459 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
SF3A1Q15459 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
SF3A1Q15459 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
SF3A1Q15459 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
SF3A1Q15459 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
SF3A1Q15459 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
SF3A1Q15459 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
SF3A1Q15459 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
SF3A1Q15459 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
SF3A1Q15459 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
SF3A1Q15459 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
SF3A1Q15459 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
SF3A1Q15459 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC29.46■■■□□ 2.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.9 ms