Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIM2P55344 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIM2P55344 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIM2P55344 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIM2P55344 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIM2P55344 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIM2P55344 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIM2P55344 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIM2P55344 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIM2P55344 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIM2P55344 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIM2P55344 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIM2P55344 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIM2P55344 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIM2P55344 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIM2P55344 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIM2P55344 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIM2P55344 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIM2P55344 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIM2P55344 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.64■■□□□ 1.54
LIM2P55344 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
LIM2P55344 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIM2P55344 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
LIM2P55344 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIM2P55344 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIM2P55344 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIM2P55344 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIM2P55344 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIM2P55344 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIM2P55344 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIM2P55344 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIM2P55344 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIM2P55344 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIM2P55344 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIM2P55344 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIM2P55344 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIM2P55344 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIM2P55344 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIM2P55344 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIM2P55344 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIM2P55344 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIM2P55344 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIM2P55344 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIM2P55344 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
LIM2P55344 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIM2P55344 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIM2P55344 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIM2P55344 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIM2P55344 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
LIM2P55344 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIM2P55344 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIM2P55344 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
LIM2P55344 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIM2P55344 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIM2P55344 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIM2P55344 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIM2P55344 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIM2P55344 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIM2P55344 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIM2P55344 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIM2P55344 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIM2P55344 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIM2P55344 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIM2P55344 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIM2P55344 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIM2P55344 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIM2P55344 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIM2P55344 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIM2P55344 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIM2P55344 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIM2P55344 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIM2P55344 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIM2P55344 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIM2P55344 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIM2P55344 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIM2P55344 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIM2P55344 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIM2P55344 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIM2P55344 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIM2P55344 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIM2P55344 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIM2P55344 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
LIM2P55344 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIM2P55344 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIM2P55344 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
LIM2P55344 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIM2P55344 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIM2P55344 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIM2P55344 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIM2P55344 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIM2P55344 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIM2P55344 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIM2P55344 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIM2P55344 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIM2P55344 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIM2P55344 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIM2P55344 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIM2P55344 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIM2P55344 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIM2P55344 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.3 ms