Protein–RNA interactions for Protein: P49917

LIG4, DNA ligase 4, humanhuman

Predictions only

Length 911 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG4P49917 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
LIG4P49917 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
LIG4P49917 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
LIG4P49917 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
LIG4P49917 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
LIG4P49917 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
LIG4P49917 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
LIG4P49917 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
LIG4P49917 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
LIG4P49917 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
LIG4P49917 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
LIG4P49917 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
LIG4P49917 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
LIG4P49917 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC28.44■■■□□ 2.14
LIG4P49917 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
LIG4P49917 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
LIG4P49917 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC28.44■■■□□ 2.14
LIG4P49917 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
LIG4P49917 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC28.43■■■□□ 2.14
LIG4P49917 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
LIG4P49917 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
LIG4P49917 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
LIG4P49917 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
LIG4P49917 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
LIG4P49917 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
LIG4P49917 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
LIG4P49917 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
LIG4P49917 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
LIG4P49917 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
LIG4P49917 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
LIG4P49917 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
LIG4P49917 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
LIG4P49917 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
LIG4P49917 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC28.37■■■□□ 2.13
LIG4P49917 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
LIG4P49917 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
LIG4P49917 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC28.37■■■□□ 2.13
LIG4P49917 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
LIG4P49917 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
LIG4P49917 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
LIG4P49917 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
LIG4P49917 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
LIG4P49917 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC28.36■■■□□ 2.13
LIG4P49917 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
LIG4P49917 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
LIG4P49917 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
LIG4P49917 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
LIG4P49917 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
LIG4P49917 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
LIG4P49917 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
LIG4P49917 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
LIG4P49917 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
LIG4P49917 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
LIG4P49917 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
LIG4P49917 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
LIG4P49917 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
LIG4P49917 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
LIG4P49917 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
LIG4P49917 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
LIG4P49917 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
LIG4P49917 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
LIG4P49917 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
LIG4P49917 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
LIG4P49917 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
LIG4P49917 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
LIG4P49917 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
LIG4P49917 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
LIG4P49917 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
LIG4P49917 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
LIG4P49917 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC28.26■■■□□ 2.12
LIG4P49917 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
LIG4P49917 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
LIG4P49917 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
LIG4P49917 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
LIG4P49917 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
LIG4P49917 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
LIG4P49917 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
LIG4P49917 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
LIG4P49917 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
LIG4P49917 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
LIG4P49917 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
LIG4P49917 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
LIG4P49917 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
LIG4P49917 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
LIG4P49917 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
LIG4P49917 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
LIG4P49917 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
LIG4P49917 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
LIG4P49917 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
LIG4P49917 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
LIG4P49917 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
LIG4P49917 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
LIG4P49917 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
LIG4P49917 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
LIG4P49917 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
LIG4P49917 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
LIG4P49917 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
LIG4P49917 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
LIG4P49917 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
LIG4P49917 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.4 ms