Protein–RNA interactions for Protein: P35625

TIMP3, Metalloproteinase inhibitor 3, humanhuman

Predictions only

Length 211 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TIMP3P35625 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TIMP3P35625 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TIMP3P35625 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TIMP3P35625 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TIMP3P35625 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TIMP3P35625 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TIMP3P35625 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TIMP3P35625 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TIMP3P35625 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TIMP3P35625 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TIMP3P35625 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TIMP3P35625 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TIMP3P35625 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TIMP3P35625 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TIMP3P35625 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TIMP3P35625 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TIMP3P35625 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TIMP3P35625 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TIMP3P35625 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TIMP3P35625 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TIMP3P35625 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TIMP3P35625 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TIMP3P35625 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TIMP3P35625 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TIMP3P35625 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TIMP3P35625 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
TIMP3P35625 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
TIMP3P35625 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
TIMP3P35625 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TIMP3P35625 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TIMP3P35625 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TIMP3P35625 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TIMP3P35625 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TIMP3P35625 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TIMP3P35625 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TIMP3P35625 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TIMP3P35625 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TIMP3P35625 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TIMP3P35625 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TIMP3P35625 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
TIMP3P35625 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TIMP3P35625 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TIMP3P35625 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
TIMP3P35625 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TIMP3P35625 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TIMP3P35625 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TIMP3P35625 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TIMP3P35625 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TIMP3P35625 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
TIMP3P35625 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TIMP3P35625 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TIMP3P35625 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TIMP3P35625 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
TIMP3P35625 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
TIMP3P35625 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
TIMP3P35625 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TIMP3P35625 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TIMP3P35625 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TIMP3P35625 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TIMP3P35625 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TIMP3P35625 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TIMP3P35625 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TIMP3P35625 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TIMP3P35625 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TIMP3P35625 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
TIMP3P35625 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
TIMP3P35625 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TIMP3P35625 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TIMP3P35625 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TIMP3P35625 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TIMP3P35625 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TIMP3P35625 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
TIMP3P35625 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
TIMP3P35625 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.4 ms