Protein–RNA interactions for Protein: P08247

SYP, Synaptophysin, humanhuman

Predictions only

Length 313 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYPP08247 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SYPP08247 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SYPP08247 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SYPP08247 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
SYPP08247 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SYPP08247 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SYPP08247 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SYPP08247 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SYPP08247 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SYPP08247 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SYPP08247 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SYPP08247 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SYPP08247 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SYPP08247 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SYPP08247 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SYPP08247 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SYPP08247 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SYPP08247 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYPP08247 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYPP08247 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYPP08247 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYPP08247 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYPP08247 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYPP08247 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYPP08247 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYPP08247 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYPP08247 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYPP08247 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYPP08247 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYPP08247 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYPP08247 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYPP08247 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYPP08247 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYPP08247 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SYPP08247 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SYPP08247 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SYPP08247 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SYPP08247 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SYPP08247 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SYPP08247 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SYPP08247 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SYPP08247 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SYPP08247 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SYPP08247 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SYPP08247 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SYPP08247 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SYPP08247 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SYPP08247 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
SYPP08247 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SYPP08247 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SYPP08247 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SYPP08247 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
SYPP08247 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SYPP08247 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SYPP08247 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SYPP08247 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
SYPP08247 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SYPP08247 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
SYPP08247 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SYPP08247 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SYPP08247 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SYPP08247 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SYPP08247 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
SYPP08247 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SYPP08247 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
SYPP08247 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SYPP08247 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SYPP08247 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SYPP08247 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SYPP08247 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SYPP08247 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SYPP08247 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SYPP08247 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SYPP08247 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SYPP08247 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
SYPP08247 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SYPP08247 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SYPP08247 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
SYPP08247 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SYPP08247 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SYPP08247 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SYPP08247 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SYPP08247 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SYPP08247 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SYPP08247 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SYPP08247 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SYPP08247 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SYPP08247 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SYPP08247 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SYPP08247 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SYPP08247 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SYPP08247 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SYPP08247 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SYPP08247 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SYPP08247 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SYPP08247 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SYPP08247 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SYPP08247 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SYPP08247 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SYPP08247 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.2 ms