Protein–RNA interactions for Protein: O95025

SEMA3D, Semaphorin-3D, humanhuman

Predictions only

Length 777 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SEMA3DO95025 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
SEMA3DO95025 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SEMA3DO95025 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SEMA3DO95025 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SEMA3DO95025 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SEMA3DO95025 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SEMA3DO95025 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SEMA3DO95025 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SEMA3DO95025 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SEMA3DO95025 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SEMA3DO95025 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SEMA3DO95025 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SEMA3DO95025 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SEMA3DO95025 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SEMA3DO95025 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SEMA3DO95025 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SEMA3DO95025 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
SEMA3DO95025 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SEMA3DO95025 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SEMA3DO95025 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SEMA3DO95025 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SEMA3DO95025 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SEMA3DO95025 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SEMA3DO95025 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
SEMA3DO95025 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SEMA3DO95025 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SEMA3DO95025 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SEMA3DO95025 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SEMA3DO95025 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SEMA3DO95025 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SEMA3DO95025 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SEMA3DO95025 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SEMA3DO95025 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
SEMA3DO95025 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SEMA3DO95025 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SEMA3DO95025 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SEMA3DO95025 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SEMA3DO95025 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
SEMA3DO95025 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SEMA3DO95025 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SEMA3DO95025 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SEMA3DO95025 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
SEMA3DO95025 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SEMA3DO95025 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SEMA3DO95025 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SEMA3DO95025 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SEMA3DO95025 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SEMA3DO95025 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SEMA3DO95025 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SEMA3DO95025 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SEMA3DO95025 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SEMA3DO95025 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SEMA3DO95025 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SEMA3DO95025 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SEMA3DO95025 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SEMA3DO95025 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SEMA3DO95025 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SEMA3DO95025 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SEMA3DO95025 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SEMA3DO95025 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SEMA3DO95025 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SEMA3DO95025 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SEMA3DO95025 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SEMA3DO95025 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
SEMA3DO95025 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SEMA3DO95025 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SEMA3DO95025 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SEMA3DO95025 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SEMA3DO95025 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SEMA3DO95025 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SEMA3DO95025 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SEMA3DO95025 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SEMA3DO95025 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SEMA3DO95025 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SEMA3DO95025 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
SEMA3DO95025 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SEMA3DO95025 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SEMA3DO95025 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SEMA3DO95025 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SEMA3DO95025 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
SEMA3DO95025 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SEMA3DO95025 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SEMA3DO95025 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SEMA3DO95025 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SEMA3DO95025 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SEMA3DO95025 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SEMA3DO95025 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SEMA3DO95025 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SEMA3DO95025 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.4 ms