Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
VAMP4O75379 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC33.53■■■□□ 2.96
VAMP4O75379 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
VAMP4O75379 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.53■■■□□ 2.96
VAMP4O75379 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC33.52■■■□□ 2.96
VAMP4O75379 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.96
VAMP4O75379 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.51■■■□□ 2.96
VAMP4O75379 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC33.5■■■□□ 2.95
VAMP4O75379 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
VAMP4O75379 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
VAMP4O75379 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
VAMP4O75379 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
VAMP4O75379 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC33.48■■■□□ 2.95
VAMP4O75379 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
VAMP4O75379 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
VAMP4O75379 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC33.47■■■□□ 2.95
VAMP4O75379 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.47■■■□□ 2.95
VAMP4O75379 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC33.46■■■□□ 2.95
VAMP4O75379 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC33.46■■■□□ 2.95
VAMP4O75379 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC33.46■■■□□ 2.95
VAMP4O75379 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
VAMP4O75379 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
VAMP4O75379 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC33.46■■■□□ 2.95
VAMP4O75379 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC33.45■■■□□ 2.95
VAMP4O75379 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC33.45■■■□□ 2.95
VAMP4O75379 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
VAMP4O75379 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
VAMP4O75379 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.44■■■□□ 2.94
VAMP4O75379 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.44■■■□□ 2.94
VAMP4O75379 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
VAMP4O75379 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
VAMP4O75379 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC33.43■■■□□ 2.94
VAMP4O75379 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
VAMP4O75379 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
VAMP4O75379 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.42■■■□□ 2.94
VAMP4O75379 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
VAMP4O75379 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC33.41■■■□□ 2.94
VAMP4O75379 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
VAMP4O75379 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
VAMP4O75379 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.4■■■□□ 2.94
VAMP4O75379 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC33.4■■■□□ 2.94
VAMP4O75379 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
VAMP4O75379 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
VAMP4O75379 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.93
VAMP4O75379 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.38■■■□□ 2.93
VAMP4O75379 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
VAMP4O75379 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.38■■■□□ 2.93
VAMP4O75379 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC33.38■■■□□ 2.93
VAMP4O75379 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC33.37■■■□□ 2.93
VAMP4O75379 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC33.37■■■□□ 2.93
VAMP4O75379 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC33.37■■■□□ 2.93
VAMP4O75379 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
VAMP4O75379 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC33.36■■■□□ 2.93
VAMP4O75379 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC33.35■■■□□ 2.93
VAMP4O75379 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC33.34■■■□□ 2.93
VAMP4O75379 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC33.34■■■□□ 2.93
VAMP4O75379 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC33.33■■■□□ 2.93
VAMP4O75379 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.33■■■□□ 2.93
VAMP4O75379 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.33■■■□□ 2.93
VAMP4O75379 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
VAMP4O75379 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC33.32■■■□□ 2.92
VAMP4O75379 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
VAMP4O75379 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
VAMP4O75379 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
VAMP4O75379 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC33.31■■■□□ 2.92
VAMP4O75379 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.31■■■□□ 2.92
VAMP4O75379 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
VAMP4O75379 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
VAMP4O75379 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
VAMP4O75379 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC33.28■■■□□ 2.92
VAMP4O75379 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC33.28■■■□□ 2.92
VAMP4O75379 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
VAMP4O75379 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
VAMP4O75379 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC33.27■■■□□ 2.92
VAMP4O75379 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
VAMP4O75379 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC33.25■■■□□ 2.91
VAMP4O75379 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
VAMP4O75379 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.24■■■□□ 2.91
VAMP4O75379 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
VAMP4O75379 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
VAMP4O75379 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC33.23■■■□□ 2.91
VAMP4O75379 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC33.23■■■□□ 2.91
VAMP4O75379 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC33.23■■■□□ 2.91
VAMP4O75379 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC33.23■■■□□ 2.91
VAMP4O75379 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
VAMP4O75379 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
VAMP4O75379 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC33.21■■■□□ 2.91
VAMP4O75379 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
VAMP4O75379 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC33.21■■■□□ 2.91
VAMP4O75379 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC33.2■■■□□ 2.91
VAMP4O75379 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
VAMP4O75379 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
VAMP4O75379 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC33.17■■■□□ 2.9
VAMP4O75379 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC33.17■■■□□ 2.9
VAMP4O75379 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC33.17■■■□□ 2.9
VAMP4O75379 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
VAMP4O75379 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
VAMP4O75379 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
VAMP4O75379 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC33.16■■■□□ 2.9
VAMP4O75379 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC33.16■■■□□ 2.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.1 ms