Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SDC3O75056 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SDC3O75056 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SDC3O75056 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SDC3O75056 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SDC3O75056 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SDC3O75056 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SDC3O75056 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SDC3O75056 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SDC3O75056 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SDC3O75056 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SDC3O75056 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
SDC3O75056 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
SDC3O75056 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
SDC3O75056 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SDC3O75056 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SDC3O75056 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SDC3O75056 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SDC3O75056 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SDC3O75056 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SDC3O75056 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SDC3O75056 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SDC3O75056 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SDC3O75056 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SDC3O75056 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SDC3O75056 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SDC3O75056 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SDC3O75056 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SDC3O75056 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SDC3O75056 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SDC3O75056 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SDC3O75056 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SDC3O75056 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SDC3O75056 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SDC3O75056 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SDC3O75056 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SDC3O75056 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SDC3O75056 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SDC3O75056 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SDC3O75056 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SDC3O75056 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SDC3O75056 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SDC3O75056 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SDC3O75056 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SDC3O75056 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SDC3O75056 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SDC3O75056 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SDC3O75056 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SDC3O75056 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SDC3O75056 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SDC3O75056 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SDC3O75056 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SDC3O75056 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SDC3O75056 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SDC3O75056 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SDC3O75056 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
SDC3O75056 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SDC3O75056 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SDC3O75056 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SDC3O75056 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SDC3O75056 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SDC3O75056 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SDC3O75056 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SDC3O75056 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SDC3O75056 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SDC3O75056 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SDC3O75056 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
SDC3O75056 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SDC3O75056 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
SDC3O75056 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SDC3O75056 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SDC3O75056 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SDC3O75056 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SDC3O75056 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SDC3O75056 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SDC3O75056 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SDC3O75056 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SDC3O75056 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SDC3O75056 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
SDC3O75056 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SDC3O75056 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SDC3O75056 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SDC3O75056 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SDC3O75056 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
SDC3O75056 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SDC3O75056 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SDC3O75056 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SDC3O75056 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SDC3O75056 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SDC3O75056 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SDC3O75056 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SDC3O75056 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SDC3O75056 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SDC3O75056 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SDC3O75056 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SDC3O75056 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SDC3O75056 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SDC3O75056 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SDC3O75056 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
SDC3O75056 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.7 ms