Protein–RNA interactions for Protein: A6NCS4

NKX2-6, Homeobox protein Nkx-2.6, humanhuman

Predictions only

Length 301 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-6A6NCS4 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NKX2-6A6NCS4 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NKX2-6A6NCS4 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NKX2-6A6NCS4 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
NKX2-6A6NCS4 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
NKX2-6A6NCS4 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
NKX2-6A6NCS4 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
NKX2-6A6NCS4 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
NKX2-6A6NCS4 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
NKX2-6A6NCS4 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NKX2-6A6NCS4 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NKX2-6A6NCS4 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NKX2-6A6NCS4 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
NKX2-6A6NCS4 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
NKX2-6A6NCS4 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
NKX2-6A6NCS4 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NKX2-6A6NCS4 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
NKX2-6A6NCS4 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
NKX2-6A6NCS4 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
NKX2-6A6NCS4 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
NKX2-6A6NCS4 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
NKX2-6A6NCS4 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
NKX2-6A6NCS4 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
NKX2-6A6NCS4 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC23.04■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
NKX2-6A6NCS4 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
NKX2-6A6NCS4 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
NKX2-6A6NCS4 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
NKX2-6A6NCS4 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
NKX2-6A6NCS4 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
NKX2-6A6NCS4 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
NKX2-6A6NCS4 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-6A6NCS4 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
NKX2-6A6NCS4 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC22.93■■□□□ 1.26
NKX2-6A6NCS4 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
NKX2-6A6NCS4 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NKX2-6A6NCS4 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NKX2-6A6NCS4 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NKX2-6A6NCS4 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
NKX2-6A6NCS4 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
NKX2-6A6NCS4 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NKX2-6A6NCS4 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
NKX2-6A6NCS4 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NKX2-6A6NCS4 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NKX2-6A6NCS4 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NKX2-6A6NCS4 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
NKX2-6A6NCS4 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
NKX2-6A6NCS4 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
NKX2-6A6NCS4 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.1 ms