Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 DNMT1-202ENST00000359526 5206 ntTSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.273e-6■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.493e-6■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 PHC2-210ENST00000485928 2548 ntTSL 224.01■■□□□ 1.433e-6■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 PHC2-206ENST00000467894 1466 ntTSL 521.37■■□□□ 1.013e-6■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 PHC2-212ENST00000493483 760 ntTSL 321.31■■□□□ 13e-6■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 CRLF1-202ENST00000593286 514 ntTSL 415.07■□□□□ 03e-6■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 TYK2-211ENST00000529412 711 ntTSL 314.73□□□□□ -0.053e-6■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 TYK2-220ENST00000534228 589 ntTSL 314.53□□□□□ -0.083e-6■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 PHC2-201ENST00000257118 3870 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.163e-6■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 PHC2-203ENST00000373422 2799 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.263e-6■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 PHC2-208ENST00000473158 523 ntTSL 312.81□□□□□ -0.363e-6■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 PHC2-204ENST00000431992 3789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.61□□□□□ -0.393e-6■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 PHC2-211ENST00000486897 547 ntTSL 510.1□□□□□ -0.793e-6■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 MIR3605-201ENST00000583214 100 ntBASIC2.71□□□□□ -1.983e-6■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 PLEKHJ1-207ENST00000588356 610 ntTSL 421.86■■□□□ 1.092e-6■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 MCF2L-228ENST00000487354 553 ntTSL 312.39□□□□□ -0.431e-6■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 CDK18-221ENST00000512922 1134 ntTSL 217.66■□□□□ 0.422e-7■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.71e-6■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.611e-6■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.821e-6■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 PIK3R2-201ENST00000222254 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.751e-6■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 PIK3R2-202ENST00000426902 3273 ntTSL 219.23■□□□□ 0.671e-6■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.792e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 GAS8-220ENST00000620723 3308 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.172e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 GAS8-201ENST00000268699 3185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.172e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 GAS8-214ENST00000566266 3174 ntTSL 1 (best)11.36□□□□□ -0.592e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 GAS8-219ENST00000569558 3856 ntTSL 211.31□□□□□ -0.62e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 ABCC1-204ENST00000572882 4565 ntTSL 1 (best)10.83□□□□□ -0.682e-6■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 SLC12A7-205ENST00000514994 586 ntTSL 315.36■□□□□ 0.056e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.249e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.929e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.589e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 SSH3-201ENST00000308127 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.529e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 SSH3-203ENST00000376757 2990 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.49e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 SSH3-210ENST00000532881 2587 ntTSL 1 (best)16.2■□□□□ 0.189e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 SCAMP3-208ENST00000490999 1011 ntTSL 212.39□□□□□ -0.439e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 PSMA3-AS1-212ENST00000556400 604 ntTSL 211.92□□□□□ -0.59e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 SSH3-208ENST00000532181 948 ntTSL 311.32□□□□□ -0.69e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 PSMA3-AS1-208ENST00000555275 903 ntTSL 2 BASIC11.19□□□□□ -0.629e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 PSMA3-AS1-214ENST00000557660 2360 ntTSL 2 BASIC10.91□□□□□ -0.669e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 PSMA3-AS1-209ENST00000555707 1983 ntTSL 1 (best)9.8□□□□□ -0.849e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 SCAMP3-206ENST00000478737 649 ntTSL 39.48□□□□□ -0.899e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 PSMA3-AS1-204ENST00000554360 2475 ntTSL 1 (best) BASIC9.33□□□□□ -0.929e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 PSMA3-AS1-205ENST00000554378 741 ntTSL 1 (best)8.74□□□□□ -1.019e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 SCAMP3-205ENST00000472397 1030 ntTSL 38.51□□□□□ -1.059e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 PSMA3-AS1-211ENST00000556225 839 ntTSL 4 BASIC7.76□□□□□ -1.179e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 C14orf37-203ENST00000554218 572 ntTSL 47.34□□□□□ -1.239e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 PSMA3-AS1-210ENST00000556002 1039 ntTSL 2 BASIC7.11□□□□□ -1.279e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 PSMA3-AS1-202ENST00000553657 398 ntTSL 34.66□□□□□ -1.669e-8■■■■■ 28.3
SF3A3Q12874 CDT1-201ENST00000301019 3240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.245e-7■■■■■ 28.2
SF3A3Q12874 SLC16A3-207ENST00000578810 678 ntTSL 214.76□□□□□ -0.051e-13■■■■■ 28.2
SF3A3Q12874 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.772e-6■■■■■ 28.2
SF3A3Q12874 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.642e-6■■■■■ 28.2
SF3A3Q12874 DGKD-208ENST00000471764 270 ntTSL 213.37□□□□□ -0.275e-26■■■■■ 28.2
SF3A3Q12874 FLNA-216ENST00000490936 5374 ntTSL 1 (best)17.21■□□□□ 0.353e-6■■■■■ 28.2
SF3A3Q12874 CLUH-210ENST00000574426 3844 ntAPPRIS ALT2 TSL 516.23■□□□□ 0.192e-6■■■■■ 28.2
SF3A3Q12874 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.022e-6■■■■■ 28.2
SF3A3Q12874 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 12e-6■■■■■ 28.2
SF3A3Q12874 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.912e-6■■■■■ 28.2
SF3A3Q12874 CTU2-208ENST00000566637 1619 ntTSL 220.31■□□□□ 0.842e-6■■■■■ 28.2
SF3A3Q12874 CTU2-204ENST00000564105 1586 ntTSL 1 (best)18.31■□□□□ 0.522e-6■■■■■ 28.2
SF3A3Q12874 ZC3H18-201ENST00000301011 3729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.071e-6■■■■■ 28.2
SF3A3Q12874 ZC3H18-202ENST00000452588 3211 ntTSL 2 BASIC14.32□□□□□ -0.121e-6■■■■■ 28.2
SF3A3Q12874 DPH7-212ENST00000485189 797 ntTSL 313.61□□□□□ -0.231e-6■■■■■ 28.2
SF3A3Q12874 ZC3H18-205ENST00000564341 387 ntTSL 511.86□□□□□ -0.511e-6■■■■■ 28.2
SF3A3Q12874 RFWD3-201ENST00000361070 4957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.132e-6■■■■■ 28.2
SF3A3Q12874 RFWD3-202ENST00000571750 3033 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.07□□□□□ -0.162e-6■■■■■ 28.2
SF3A3Q12874 FANCA-231ENST00000568626 727 ntTSL 311.24□□□□□ -0.611e-6■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 RBM5-214ENST00000469838 2716 ntTSL 1 (best) BASIC5.59□□□□□ -1.522e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 COG7-201ENST00000307149 2926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.272e-6■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 COG7-205ENST00000567821 922 ntTSL 59.61□□□□□ -0.872e-6■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 SERPINF1-206ENST00000571870 739 ntTSL 213.23□□□□□ -0.293e-19■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 SERPINF1-203ENST00000570820 820 ntTSL 212.51□□□□□ -0.413e-19■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 SERPINF1-210ENST00000573770 789 ntTSL 311.45□□□□□ -0.583e-19■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.251e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.231e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.21e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.651e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 CIZ1-218ENST00000476727 1205 ntTSL 514.97□□□□□ -0.011e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 CIZ1-220ENST00000485862 843 ntTSL 214.78□□□□□ -0.041e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 CIZ1-205ENST00000372948 2858 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.211e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 CIZ1-228ENST00000634901 3462 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.241e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 CIZ1-225ENST00000538431 2996 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.371e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 DIP2A-211ENST00000481883 3119 ntTSL 1 (best)12.35□□□□□ -0.432e-6■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 CIZ1-201ENST00000277465 2742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.05□□□□□ -0.481e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 CIZ1-207ENST00000393608 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.511e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 CIZ1-208ENST00000415526 2508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)11.4□□□□□ -0.581e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 CIZ1-219ENST00000485001 596 ntTSL 310.01□□□□□ -0.811e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 CIZ1-213ENST00000471839 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 27.99□□□□□ -1.131e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 CIZ1-212ENST00000471773 717 ntTSL 27.48□□□□□ -1.211e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 CIZ1-210ENST00000461765 677 ntTSL 36.66□□□□□ -1.341e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 PDXK-218ENST00000498040 888 ntTSL 515.58■□□□□ 0.087e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.736e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 FARP1-214ENST00000595437 4926 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.186e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 FARP1-201ENST00000319562 10262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.276e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 NARFL-211ENST00000565425 1918 ntTSL 520.27■□□□□ 0.842e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.642e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.592e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 NARFL-202ENST00000540986 3212 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.162e-7■■■■■ 28.1
SF3A3Q12874 NARFL-203ENST00000562421 961 ntTSL 514.68□□□□□ -0.062e-7■■■■■ 28.1
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