Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC24.14■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
SCN9AQ15858 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
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