Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
USP28Q96RU2 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.2 ms