Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SMARCA1P28370 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.1 ms