Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.2 ms