Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TRERF1Q96PN7 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms