Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.1■■■■□ 3.05
CUX1P39880 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC34.1■■■■□ 3.05
CUX1P39880 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
CUX1P39880 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
CUX1P39880 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC34.1■■■■□ 3.05
CUX1P39880 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC34.09■■■■□ 3.05
CUX1P39880 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC34.09■■■■□ 3.05
CUX1P39880 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC34.09■■■■□ 3.05
CUX1P39880 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC34.09■■■■□ 3.05
CUX1P39880 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC34.09■■■■□ 3.05
CUX1P39880 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.09■■■■□ 3.05
CUX1P39880 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
CUX1P39880 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.09■■■■□ 3.05
CUX1P39880 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC34.09■■■■□ 3.05
CUX1P39880 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC34.09■■■■□ 3.05
CUX1P39880 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC34.09■■■■□ 3.05
CUX1P39880 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC34.09■■■■□ 3.05
CUX1P39880 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
CUX1P39880 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC34.09■■■■□ 3.05
CUX1P39880 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
CUX1P39880 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC34.08■■■■□ 3.05
CUX1P39880 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC34.08■■■■□ 3.05
CUX1P39880 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.08■■■■□ 3.05
CUX1P39880 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.08■■■■□ 3.05
CUX1P39880 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
CUX1P39880 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC34.07■■■■□ 3.05
CUX1P39880 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.05
CUX1P39880 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC34.07■■■■□ 3.05
CUX1P39880 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC34.07■■■■□ 3.05
CUX1P39880 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC34.07■■■■□ 3.04
CUX1P39880 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
CUX1P39880 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
CUX1P39880 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC34.07■■■■□ 3.04
CUX1P39880 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
CUX1P39880 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
CUX1P39880 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
CUX1P39880 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.06■■■■□ 3.04
CUX1P39880 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC34.06■■■■□ 3.04
CUX1P39880 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
CUX1P39880 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
CUX1P39880 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC34.06■■■■□ 3.04
CUX1P39880 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
CUX1P39880 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC34.06■■■■□ 3.04
CUX1P39880 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
CUX1P39880 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
CUX1P39880 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
CUX1P39880 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
CUX1P39880 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
CUX1P39880 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC34.05■■■■□ 3.04
CUX1P39880 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC34.05■■■■□ 3.04
CUX1P39880 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC34.05■■■■□ 3.04
CUX1P39880 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC34.05■■■■□ 3.04
CUX1P39880 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC34.05■■■■□ 3.04
CUX1P39880 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC34.05■■■■□ 3.04
CUX1P39880 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.05■■■■□ 3.04
CUX1P39880 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.05■■■■□ 3.04
CUX1P39880 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC34.05■■■■□ 3.04
CUX1P39880 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
CUX1P39880 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
CUX1P39880 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC34.05■■■■□ 3.04
CUX1P39880 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
CUX1P39880 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC34.04■■■■□ 3.04
CUX1P39880 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC34.04■■■■□ 3.04
CUX1P39880 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
CUX1P39880 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC34.04■■■■□ 3.04
CUX1P39880 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC34.04■■■■□ 3.04
CUX1P39880 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
CUX1P39880 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC34.04■■■■□ 3.04
CUX1P39880 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
CUX1P39880 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
CUX1P39880 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC34.04■■■■□ 3.04
CUX1P39880 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
CUX1P39880 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC34.04■■■■□ 3.04
CUX1P39880 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC34.04■■■■□ 3.04
CUX1P39880 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC34.04■■■■□ 3.04
CUX1P39880 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
CUX1P39880 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC34.04■■■■□ 3.04
CUX1P39880 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
CUX1P39880 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
CUX1P39880 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
CUX1P39880 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
CUX1P39880 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
CUX1P39880 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
CUX1P39880 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
CUX1P39880 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC34.03■■■■□ 3.04
CUX1P39880 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
CUX1P39880 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
CUX1P39880 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC34.03■■■■□ 3.04
CUX1P39880 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC34.03■■■■□ 3.04
CUX1P39880 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC34.03■■■■□ 3.04
CUX1P39880 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
CUX1P39880 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
CUX1P39880 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
CUX1P39880 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC34.02■■■■□ 3.04
CUX1P39880 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC34.02■■■■□ 3.04
CUX1P39880 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
CUX1P39880 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC34.02■■■■□ 3.04
CUX1P39880 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC34.02■■■■□ 3.04
CUX1P39880 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC34.02■■■■□ 3.04
CUX1P39880 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC34.01■■■■□ 3.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms