Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC26.89■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL18A1P39060 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL18A1P39060 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
COL18A1P39060 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL18A1P39060 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL18A1P39060 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL18A1P39060 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms