Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC27.61■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.61■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC27.57■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC27.57■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms