Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC27.72■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC27.71■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC27.7■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC27.7■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC27.7■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
NPHP3Q7Z494 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.01
NPHP3Q7Z494 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms