Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms