Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 CLUH-201ENST00000435359 5224 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
RPUSD4Q96CM3 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 DCHS2-201ENST00000339452 5064 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 BCR-201ENST00000305877 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms