Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CHMP4CQ96CF2 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
CHMP4CQ96CF2 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms