Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC25.39■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRIM28Q13263 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
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