Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.052e-6■■■■■ 30
SF3A3Q12874 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.592e-6■■■■■ 30
SF3A3Q12874 MUS81-207ENST00000529374 1232 ntTSL 517.82■□□□□ 0.442e-6■■■■■ 30
SF3A3Q12874 MUS81-202ENST00000524647 1817 ntTSL 517.6■□□□□ 0.412e-6■■■■■ 30
SF3A3Q12874 TKFC-218ENST00000533853 460 ntTSL 310.66□□□□□ -0.76e-8■■■■■ 29.9
SF3A3Q12874 AP1G2-226ENST00000556843 562 ntTSL 412.44□□□□□ -0.421e-12■■■■■ 29.9
SF3A3Q12874 AP1G2-209ENST00000554069 755 ntTSL 310.8□□□□□ -0.681e-12■■■■■ 29.9
SF3A3Q12874 MYO18A-208ENST00000530557 1118 ntTSL 516.19■□□□□ 0.182e-7■■■■■ 29.9
SF3A3Q12874 RABGGTA-203ENST00000543002 1329 ntTSL 215.81■□□□□ 0.122e-7■■■■■ 29.9
SF3A3Q12874 POLR3A-201ENST00000372371 6640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.62□□□□□ -0.871e-6■■■■■ 29.9
SF3A3Q12874 TOP3B-206ENST00000436282 2890 ntTSL 216.12■□□□□ 0.172e-7■■■■■ 29.9
SF3A3Q12874 TOP3B-214ENST00000457270 2956 ntTSL 515.33■□□□□ 0.042e-7■■■■■ 29.9
SF3A3Q12874 ZXDC-202ENST00000389709 3405 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.439e-8■■■■■ 29.8
SF3A3Q12874 ZXDC-204ENST00000515545 2635 ntTSL 1 (best)17.36■□□□□ 0.379e-8■■■■■ 29.8
SF3A3Q12874 GSAP-201ENST00000257626 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.41e-6■■■■■ 29.8
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SF3A3Q12874 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.635e-12■■■■■ 29.8
SF3A3Q12874 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.485e-12■■■■■ 29.8
SF3A3Q12874 PHF1-211ENST00000495509 1752 ntTSL 215.25■□□□□ 0.035e-12■■■■■ 29.8
SF3A3Q12874 PHF1-210ENST00000488767 849 ntTSL 311.62□□□□□ -0.555e-12■■■■■ 29.8
SF3A3Q12874 PHF1-205ENST00000428274 836 ntTSL 511.54□□□□□ -0.565e-12■■■■■ 29.8
SF3A3Q12874 DYNC1H1-210ENST00000556499 554 ntTSL 35.93□□□□□ -1.461e-7■■■■■ 29.8
SF3A3Q12874 RTKN-210ENST00000492013 853 ntTSL 212.45□□□□□ -0.424e-10■■■■■ 29.8
SF3A3Q12874 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.782e-6■■■■■ 29.8
SF3A3Q12874 KAT2A-202ENST00000465682 2990 ntTSL 513.2□□□□□ -0.32e-6■■■■■ 29.8
SF3A3Q12874 PRPF31-207ENST00000466404 1837 ntTSL 219.11■□□□□ 0.656e-8■■■■■ 29.8
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SF3A3Q12874 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.426e-8■■■■■ 29.8
SF3A3Q12874 PRPF31-201ENST00000321030 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.366e-8■■■■■ 29.8
SF3A3Q12874 FLNA-218ENST00000498491 914 ntTSL 516■□□□□ 0.151e-27■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 DNMT1-204ENST00000585843 911 ntTSL 312.69□□□□□ -0.381e-6■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 TF-204ENST00000461695 990 ntTSL 39.32□□□□□ -0.923e-13■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 AP1G2-234ENST00000557619 1004 ntTSL 211.66□□□□□ -0.542e-7■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 AP1G2-220ENST00000555896 927 ntTSL 1 (best)10.68□□□□□ -0.72e-7■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 DOCK5-201ENST00000276440 10075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.96□□□□□ -1.131e-6■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 CARD10-206ENST00000467812 1910 ntTSL 220.87■□□□□ 0.933e-11■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 CARD10-209ENST00000488141 2169 ntTSL 220.29■□□□□ 0.843e-11■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 TMCO6-206ENST00000509217 540 ntTSL 420.21■□□□□ 0.837e-10■■■■■ 29.7
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SF3A3Q12874 ACADVL-226ENST00000581562 571 ntTSL 320.18■□□□□ 0.828e-7■■■■■ 29.7
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SF3A3Q12874 ASPHD1-205ENST00000566693 1732 ntTSL 1 (best)23.96■■□□□ 1.433e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 TNPO2-207ENST00000587155 557 ntTSL 422.48■■□□□ 1.193e-8■■■■■ 29.7
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SF3A3Q12874 ERBB2-209ENST00000578709 559 ntTSL 421.72■■□□□ 1.073e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.053e-6■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.023e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 UCK1-205ENST00000459858 795 ntTSL 521.4■■□□□ 1.023e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.939e-12■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.99e-12■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.843e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.812e-6■■■■■ 29.7
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SF3A3Q12874 HSF4-201ENST00000434833 1568 ntTSL 1 (best)19.74■□□□□ 0.753e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.73e-6■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.699e-12■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 PIEZO1-210ENST00000491917 406 ntTSL 219.36■□□□□ 0.693e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.662e-6■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 LZTS3-202ENST00000337576 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.663e-6■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.653e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 HSF4-203ENST00000517685 1249 ntTSL 519.1■□□□□ 0.653e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.643e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 CXXC5-209ENST00000507139 472 ntTSL 418.99■□□□□ 0.633e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 ASPHD1-204ENST00000563177 775 ntAPPRIS ALT2 TSL 518.79■□□□□ 0.63e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.579e-12■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.572e-6■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 GLT8D1-212ENST00000487642 770 ntTSL 218.53■□□□□ 0.563e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 CTSH-213ENST00000533777 2101 ntTSL 1 (best)18.52■□□□□ 0.562e-6■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 CCT6A-201ENST00000275603 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.553e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 FBXO21-201ENST00000330622 2906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.53e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 CXXC5-206ENST00000504844 777 ntTSL 218.17■□□□□ 0.53e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 HSF4-204ENST00000517729 556 ntTSL 518.16■□□□□ 0.53e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 FBXO21-208ENST00000622495 6040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.483e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 FAM207A-204ENST00000479127 759 ntTSL 317.84■□□□□ 0.452e-6■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 SHMT1-209ENST00000582653 879 ntTSL 317.77■□□□□ 0.443e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.433e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.423e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 GPAA1-218ENST00000534072 1090 ntTSL 217.65■□□□□ 0.429e-12■■■■■ 29.7
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SF3A3Q12874 BANP-204ENST00000393208 2283 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.419e-12■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 HSF4-216ENST00000521624 1358 ntTSL 1 (best)17.6■□□□□ 0.413e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 GPAA1-212ENST00000529638 1570 ntTSL 517.57■□□□□ 0.49e-12■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 AP002990.1-201ENST00000526409 1954 ntTSL 517.29■□□□□ 0.363e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.343e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 TRA2B-205ENST00000453386 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.333e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 GAS8-215ENST00000568284 436 ntTSL 217.07■□□□□ 0.323e-8■■■■■ 29.7
SF3A3Q12874 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.323e-8■■■■■ 29.7
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