Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC20.55■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC20.55■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.55■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC20.54■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.5 ms