Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
TRERF1Q96PN7 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms