Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 NUP214-214ENST00000525561 487 ntTSL 46.26□□□□□ -1.413e-15■■■■■ 36
SF3B4Q15427 DRAM2-209ENST00000490780 769 ntTSL 26.01□□□□□ -1.455e-8■■■■■ 36
SF3B4Q15427 DRAM2-210ENST00000496430 767 ntTSL 55.92□□□□□ -1.465e-8■■■■■ 36
SF3B4Q15427 PDE8A-209ENST00000558543 644 ntTSL 34□□□□□ -1.771e-9■■■■■ 36
SF3B4Q15427 PDE8A-207ENST00000557954 586 ntTSL 43.88□□□□□ -1.791e-9■■■■■ 36
SF3B4Q15427 DRAM2-207ENST00000480600 533 ntTSL 53.84□□□□□ -1.795e-8■■■■■ 36
SF3B4Q15427 VMP1-216ENST00000592790 4325 nt3.37□□□□□ -1.874e-8■■■■■ 36
SF3B4Q15427 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.123e-8■■■■■ 36
SF3B4Q15427 UBE2O-202ENST00000586409 3579 ntTSL 216.27■□□□□ 0.193e-6■■■■■ 36
SF3B4Q15427 DVL2-204ENST00000573354 392 ntTSL 320.75■□□□□ 0.911e-10■■■■■ 36
SF3B4Q15427 UBA1-206ENST00000442035 1054 ntTSL 519.31■□□□□ 0.682e-9■■■■■ 36
SF3B4Q15427 CABIN1-206ENST00000454754 1321 ntTSL 1 (best)18.24■□□□□ 0.511e-10■■■■■ 36
SF3B4Q15427 CABIN1-205ENST00000445422 1472 ntTSL 217.49■□□□□ 0.391e-10■■■■■ 36
SF3B4Q15427 KHDRBS1-203ENST00000484270 1989 ntTSL 516.84■□□□□ 0.291e-10■■■■■ 36
SF3B4Q15427 WNK1-206ENST00000535572 9886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.171e-10■■■■■ 36
SF3B4Q15427 UBA1-204ENST00000412206 1148 ntTSL 513.18□□□□□ -0.32e-9■■■■■ 36
SF3B4Q15427 WNK1-201ENST00000315939 10452 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.321e-10■■■■■ 36
SF3B4Q15427 NOP58-201ENST00000264279 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.371e-10■■■■■ 36
SF3B4Q15427 SLC25A13-202ENST00000416240 3192 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.38□□□□□ -0.431e-10■■■■■ 36
SF3B4Q15427 WNK1-202ENST00000340908 11208 ntTSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.51e-10■■■■■ 36
SF3B4Q15427 WNK1-209ENST00000537687 11232 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.94□□□□□ -0.51e-10■■■■■ 36
SF3B4Q15427 ENO1-201ENST00000234590 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.51□□□□□ -0.572e-10■■■■■ 36
SF3B4Q15427 ENO1-206ENST00000497492 647 ntTSL 211.33□□□□□ -0.62e-10■■■■■ 36
SF3B4Q15427 WNK1-204ENST00000530271 11804 ntTSL 1 (best) BASIC10.63□□□□□ -0.711e-10■■■■■ 36
SF3B4Q15427 RPL13A-205ENST00000474171 521 ntTSL 210.13□□□□□ -0.791e-10■■■■■ 36
SF3B4Q15427 SLC25A13-206ENST00000490072 578 ntTSL 59.76□□□□□ -0.851e-10■■■■■ 36
SF3B4Q15427 RPL13A-203ENST00000468655 407 ntTSL 29.5□□□□□ -0.891e-10■■■■■ 36
SF3B4Q15427 RPL13A-207ENST00000476300 619 ntTSL 39.14□□□□□ -0.951e-10■■■■■ 36
SF3B4Q15427 SLC25A13-201ENST00000265631 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.65□□□□□ -1.021e-10■■■■■ 36
SF3B4Q15427 NSUN2-204ENST00000505264 472 ntTSL 48.61□□□□□ -1.032e-11■■■■■ 36
SF3B4Q15427 SLC25A13-204ENST00000484495 540 ntTSL 58.37□□□□□ -1.071e-10■■■■■ 36
SF3B4Q15427 ENO1-203ENST00000486051 536 ntTSL 35.71□□□□□ -1.52e-10■■■■■ 36
SF3B4Q15427 SLC25A13-207ENST00000492869 433 ntTSL 53.9□□□□□ -1.791e-10■■■■■ 36
SF3B4Q15427 NOP58-206ENST00000478508 599 ntTSL 23.8□□□□□ -1.81e-10■■■■■ 36
SF3B4Q15427 TMEM63B-205ENST00000525294 916 ntTSL 220.25■□□□□ 0.834e-8■■■■■ 36
SF3B4Q15427 TMEM63B-208ENST00000532634 828 ntTSL 313.77□□□□□ -0.214e-8■■■■■ 36
SF3B4Q15427 ERCC2-202ENST00000391942 1488 ntTSL 215.17■□□□□ 0.022e-7■■■■■ 36
SF3B4Q15427 ERCC2-210ENST00000587376 817 ntTSL 514.17□□□□□ -0.142e-7■■■■■ 36
SF3B4Q15427 NFKBIA-207ENST00000557100 825 ntTSL 316.2■□□□□ 0.181e-7■■■■■ 36
SF3B4Q15427 NFKBIA-210ENST00000557459 780 ntTSL 214.41□□□□□ -0.11e-7■■■■■ 36
SF3B4Q15427 ATP1B3-204ENST00000466678 1708 ntTSL 312.31□□□□□ -0.449e-7■■■■■ 36
SF3B4Q15427 ATP1B3-201ENST00000286371 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.97□□□□□ -0.499e-7■■■■■ 36
SF3B4Q15427 ATP1B3-203ENST00000465172 1951 ntTSL 27.45□□□□□ -1.229e-7■■■■■ 36
SF3B4Q15427 ATP1B3-202ENST00000462082 837 ntTSL 3 BASIC6.96□□□□□ -1.39e-7■■■■■ 36
SF3B4Q15427 PNCK-207ENST00000419804 561 ntTSL 416.47■□□□□ 0.235e-7■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 CIRBP-205ENST00000585913 833 ntTSL 319.75■□□□□ 0.755e-12■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.725e-12■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.65e-12■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 CIRBP-210ENST00000586636 938 ntTSL 216.77■□□□□ 0.285e-12■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 CIRBP-232ENST00000591376 830 ntTSL 316.77■□□□□ 0.285e-12■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 CIRBP-237ENST00000592234 571 ntTSL 516.77■□□□□ 0.285e-12■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 CIRBP-212ENST00000587169 3028 ntTSL 216.32■□□□□ 0.25e-12■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.145e-12■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 CIRBP-228ENST00000590347 3117 ntTSL 215.73■□□□□ 0.115e-12■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 CIRBP-206ENST00000585914 1052 ntTSL 515.41■□□□□ 0.065e-12■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 CIRBP-242ENST00000593093 3528 ntTSL 214.2□□□□□ -0.145e-12■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 TMEM63B-207ENST00000527188 478 ntTSL 311.28□□□□□ -0.64e-9■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 CXXC1-208ENST00000587170 476 ntTSL 212.94□□□□□ -0.349e-12■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 CREBBP-201ENST00000262367 10803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.011e-6■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 CREBBP-202ENST00000382070 7598 ntTSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.561e-6■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.593e-8■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.031e-7■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 NFKBIA-203ENST00000554001 1396 ntTSL 513.33□□□□□ -0.271e-7■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 NFKBIA-208ENST00000557140 1400 ntTSL 5 BASIC11.08□□□□□ -0.641e-7■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 SNRPA1-205ENST00000558036 2108 ntTSL 217.75■□□□□ 0.432e-9■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 SNRPA1-203ENST00000540017 506 ntTSL 1 (best)16.5■□□□□ 0.232e-9■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.192e-9■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 SNRPA1-202ENST00000394082 556 ntTSL 1 (best)16.07■□□□□ 0.162e-9■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 SNRPA1-207ENST00000559309 924 ntTSL 513.22□□□□□ -0.292e-9■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 SNRPA1-212ENST00000560496 824 ntTSL 59.2□□□□□ -0.942e-9■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.144e-7■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.144e-7■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.144e-7■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.734e-7■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 C1orf35-207ENST00000492757 548 ntTSL 319.13■□□□□ 0.657e-7■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 HDAC3-208ENST00000476739 422 ntTSL 38.69□□□□□ -1.024e-7■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 HDAC3-212ENST00000492407 782 ntTSL 58.44□□□□□ -1.064e-7■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 HDAC3-202ENST00000459727 524 ntTSL 58.17□□□□□ -1.14e-7■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 MPC1-203ENST00000366868 572 ntTSL 35.7□□□□□ -1.54e-7■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 MPC1-205ENST00000487218 918 ntTSL 55.64□□□□□ -1.514e-7■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 MPC1-204ENST00000475708 651 ntTSL 52.28□□□□□ -2.044e-7■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 ATP13A1-202ENST00000357324 3861 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.21e-6■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 ATP13A1-201ENST00000291503 3483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.63□□□□□ -0.711e-6■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 AP3B1-201ENST00000255194 5838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.18□□□□□ -0.948e-8■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 AP3B1-204ENST00000519295 3986 ntTSL 1 (best) BASIC5.68□□□□□ -1.58e-8■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 AP2M1-209ENST00000448139 601 ntTSL 513.54□□□□□ -0.247e-8■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 PELP1-204ENST00000570571 902 ntTSL 314.9□□□□□ -0.025e-7■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 PELP1-203ENST00000570387 567 ntTSL 57.75□□□□□ -1.175e-7■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 DVL1-203ENST00000472445 639 ntTSL 216.49■□□□□ 0.232e-7■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 SNORD101-201ENST00000384027 73 ntBASIC0.87□□□□□ -2.271e-38■■■■■ 35.9
SF3B4Q15427 NFKBIA-204ENST00000555371 690 ntTSL 39.52□□□□□ -0.891e-9■■■■■ 35.8
SF3B4Q15427 EEF2-204ENST00000598182 581 ntTSL 212.31□□□□□ -0.445e-20■■■■■ 35.8
SF3B4Q15427 DENND5A-213ENST00000531580 564 ntTSL 49.47□□□□□ -0.894e-10■■■■■ 35.8
SF3B4Q15427 EEF1G-203ENST00000525340 2496 ntTSL 1 (best)15.84■□□□□ 0.138e-8■■■■■ 35.8
SF3B4Q15427 EEF1G-201ENST00000329251 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.528e-8■■■■■ 35.8
SF3B4Q15427 PER1-219ENST00000585284 461 ntTSL 218.76■□□□□ 0.598e-7■■■■■ 35.8
SF3B4Q15427 EIF4A1-222ENST00000582050 576 ntTSL 516.13■□□□□ 0.173e-10■■■■■ 35.8
SF3B4Q15427 CWC22-202ENST00000410053 3280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.52e-6■■■■■ 35.8
SF3B4Q15427 CWC22-201ENST00000404136 2392 ntTSL 1 (best)4.07□□□□□ -1.762e-6■■■■■ 35.8
SF3B4Q15427 DROSHA-201ENST00000344624 5102 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC10.08□□□□□ -0.83e-8■■■■■ 35.8
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