Protein–RNA interactions for Protein: P31269

HOXA9, Homeobox protein Hox-A9, humanhuman

Predictions only

Length 272 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA9P31269 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXA9P31269 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
HOXA9P31269 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
HOXA9P31269 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
HOXA9P31269 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
HOXA9P31269 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
HOXA9P31269 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1
HOXA9P31269 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
HOXA9P31269 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
HOXA9P31269 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
HOXA9P31269 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA9P31269 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA9P31269 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.2 ms