Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
ATG4BQ9Y4P1 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
ATG4BQ9Y4P1 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
ATG4BQ9Y4P1 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
ATG4BQ9Y4P1 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
ATG4BQ9Y4P1 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC24.9■■□□□ 1.58
ATG4BQ9Y4P1 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
ATG4BQ9Y4P1 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
ATG4BQ9Y4P1 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
ATG4BQ9Y4P1 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
ATG4BQ9Y4P1 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
ATG4BQ9Y4P1 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
ATG4BQ9Y4P1 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
ATG4BQ9Y4P1 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
ATG4BQ9Y4P1 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
ATG4BQ9Y4P1 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
ATG4BQ9Y4P1 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
ATG4BQ9Y4P1 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
ATG4BQ9Y4P1 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
ATG4BQ9Y4P1 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
ATG4BQ9Y4P1 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
ATG4BQ9Y4P1 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
ATG4BQ9Y4P1 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
ATG4BQ9Y4P1 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
ATG4BQ9Y4P1 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
ATG4BQ9Y4P1 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
ATG4BQ9Y4P1 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
ATG4BQ9Y4P1 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
ATG4BQ9Y4P1 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
ATG4BQ9Y4P1 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
ATG4BQ9Y4P1 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
ATG4BQ9Y4P1 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
ATG4BQ9Y4P1 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
ATG4BQ9Y4P1 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
ATG4BQ9Y4P1 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
ATG4BQ9Y4P1 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.82■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.8■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
ATG4BQ9Y4P1 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
ATG4BQ9Y4P1 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
ATG4BQ9Y4P1 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
ATG4BQ9Y4P1 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
ATG4BQ9Y4P1 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
ATG4BQ9Y4P1 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
ATG4BQ9Y4P1 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
ATG4BQ9Y4P1 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
ATG4BQ9Y4P1 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
ATG4BQ9Y4P1 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
ATG4BQ9Y4P1 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
ATG4BQ9Y4P1 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
ATG4BQ9Y4P1 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
ATG4BQ9Y4P1 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
ATG4BQ9Y4P1 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
ATG4BQ9Y4P1 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
ATG4BQ9Y4P1 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
ATG4BQ9Y4P1 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
ATG4BQ9Y4P1 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
ATG4BQ9Y4P1 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
ATG4BQ9Y4P1 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
ATG4BQ9Y4P1 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
ATG4BQ9Y4P1 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
ATG4BQ9Y4P1 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
ATG4BQ9Y4P1 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
ATG4BQ9Y4P1 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
ATG4BQ9Y4P1 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
ATG4BQ9Y4P1 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
ATG4BQ9Y4P1 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
ATG4BQ9Y4P1 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
ATG4BQ9Y4P1 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
ATG4BQ9Y4P1 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
ATG4BQ9Y4P1 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
ATG4BQ9Y4P1 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
ATG4BQ9Y4P1 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
ATG4BQ9Y4P1 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
ATG4BQ9Y4P1 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
ATG4BQ9Y4P1 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
ATG4BQ9Y4P1 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
ATG4BQ9Y4P1 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.7 ms