Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC35.86■■■■□ 3.33
CCDC9Q9Y3X0 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
CCDC9Q9Y3X0 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC35.84■■■■□ 3.33
CCDC9Q9Y3X0 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC35.82■■■■□ 3.32
CCDC9Q9Y3X0 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.82■■■■□ 3.32
CCDC9Q9Y3X0 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.81■■■■□ 3.32
CCDC9Q9Y3X0 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.81■■■■□ 3.32
CCDC9Q9Y3X0 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC35.81■■■■□ 3.32
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC35.8■■■■□ 3.32
CCDC9Q9Y3X0 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
CCDC9Q9Y3X0 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
CCDC9Q9Y3X0 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC35.78■■■■□ 3.32
CCDC9Q9Y3X0 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC35.77■■■■□ 3.32
CCDC9Q9Y3X0 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC35.77■■■■□ 3.32
CCDC9Q9Y3X0 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC35.76■■■■□ 3.31
CCDC9Q9Y3X0 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.31
CCDC9Q9Y3X0 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
CCDC9Q9Y3X0 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC35.75■■■■□ 3.31
CCDC9Q9Y3X0 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC35.75■■■■□ 3.31
CCDC9Q9Y3X0 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
CCDC9Q9Y3X0 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
CCDC9Q9Y3X0 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC35.74■■■■□ 3.31
CCDC9Q9Y3X0 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.74■■■■□ 3.31
CCDC9Q9Y3X0 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
CCDC9Q9Y3X0 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC35.71■■■■□ 3.31
CCDC9Q9Y3X0 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
CCDC9Q9Y3X0 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.69■■■■□ 3.3
CCDC9Q9Y3X0 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC35.69■■■■□ 3.3
CCDC9Q9Y3X0 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
CCDC9Q9Y3X0 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.68■■■■□ 3.3
CCDC9Q9Y3X0 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC35.68■■■■□ 3.3
CCDC9Q9Y3X0 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC35.68■■■■□ 3.3
CCDC9Q9Y3X0 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC35.67■■■■□ 3.3
CCDC9Q9Y3X0 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
CCDC9Q9Y3X0 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.67■■■■□ 3.3
CCDC9Q9Y3X0 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC35.66■■■■□ 3.3
CCDC9Q9Y3X0 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC35.65■■■■□ 3.3
CCDC9Q9Y3X0 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC35.65■■■■□ 3.3
CCDC9Q9Y3X0 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC35.64■■■■□ 3.3
CCDC9Q9Y3X0 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC35.64■■■■□ 3.3
CCDC9Q9Y3X0 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.63■■■■□ 3.29
CCDC9Q9Y3X0 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC35.61■■■■□ 3.29
CCDC9Q9Y3X0 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC35.6■■■■□ 3.29
CCDC9Q9Y3X0 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
CCDC9Q9Y3X0 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC35.6■■■■□ 3.29
CCDC9Q9Y3X0 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.59■■■■□ 3.29
CCDC9Q9Y3X0 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.57■■■■□ 3.28
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
CCDC9Q9Y3X0 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
CCDC9Q9Y3X0 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
CCDC9Q9Y3X0 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC35.56■■■■□ 3.28
CCDC9Q9Y3X0 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC35.56■■■■□ 3.28
CCDC9Q9Y3X0 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC35.56■■■■□ 3.28
CCDC9Q9Y3X0 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
CCDC9Q9Y3X0 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC35.54■■■■□ 3.28
CCDC9Q9Y3X0 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
CCDC9Q9Y3X0 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
CCDC9Q9Y3X0 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC35.52■■■■□ 3.28
CCDC9Q9Y3X0 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC35.51■■■■□ 3.27
CCDC9Q9Y3X0 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
CCDC9Q9Y3X0 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
CCDC9Q9Y3X0 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.48■■■■□ 3.27
CCDC9Q9Y3X0 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
CCDC9Q9Y3X0 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.48■■■■□ 3.27
CCDC9Q9Y3X0 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
CCDC9Q9Y3X0 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.46■■■■□ 3.27
CCDC9Q9Y3X0 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC35.44■■■■□ 3.26
CCDC9Q9Y3X0 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
CCDC9Q9Y3X0 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.43■■■■□ 3.26
CCDC9Q9Y3X0 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC35.43■■■■□ 3.26
CCDC9Q9Y3X0 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC35.43■■■■□ 3.26
CCDC9Q9Y3X0 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC35.42■■■■□ 3.26
CCDC9Q9Y3X0 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
CCDC9Q9Y3X0 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.41■■■■□ 3.26
CCDC9Q9Y3X0 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC35.4■■■■□ 3.26
CCDC9Q9Y3X0 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC35.4■■■■□ 3.26
CCDC9Q9Y3X0 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.39■■■■□ 3.26
CCDC9Q9Y3X0 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC35.39■■■■□ 3.26
CCDC9Q9Y3X0 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC35.39■■■■□ 3.26
CCDC9Q9Y3X0 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.38■■■■□ 3.25
CCDC9Q9Y3X0 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
CCDC9Q9Y3X0 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.38■■■■□ 3.25
CCDC9Q9Y3X0 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
CCDC9Q9Y3X0 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
CCDC9Q9Y3X0 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
CCDC9Q9Y3X0 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
CCDC9Q9Y3X0 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
CCDC9Q9Y3X0 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC35.37■■■■□ 3.25
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
CCDC9Q9Y3X0 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC35.34■■■■□ 3.25
CCDC9Q9Y3X0 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC35.32■■■■□ 3.25
CCDC9Q9Y3X0 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
CCDC9Q9Y3X0 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
CCDC9Q9Y3X0 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
CCDC9Q9Y3X0 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC35.29■■■■□ 3.24
CCDC9Q9Y3X0 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.29■■■■□ 3.24
CCDC9Q9Y3X0 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC35.29■■■■□ 3.24
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC35.27■■■■□ 3.24
CCDC9Q9Y3X0 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC35.27■■■■□ 3.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.2 ms