Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SMARCAL1Q9NZC9 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SMARCAL1Q9NZC9 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SMARCAL1Q9NZC9 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SMARCAL1Q9NZC9 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SMARCAL1Q9NZC9 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SMARCAL1Q9NZC9 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC27.6■■■□□ 2.01
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
SMARCAL1Q9NZC9 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
SMARCAL1Q9NZC9 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SMARCAL1Q9NZC9 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SMARCAL1Q9NZC9 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SMARCAL1Q9NZC9 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SMARCAL1Q9NZC9 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SMARCAL1Q9NZC9 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
SMARCAL1Q9NZC9 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
SMARCAL1Q9NZC9 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
SMARCAL1Q9NZC9 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SMARCAL1Q9NZC9 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
SMARCAL1Q9NZC9 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SMARCAL1Q9NZC9 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SMARCAL1Q9NZC9 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SMARCAL1Q9NZC9 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SMARCAL1Q9NZC9 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.51■■■□□ 2
SMARCAL1Q9NZC9 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
SMARCAL1Q9NZC9 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC27.51■■□□□ 1.99
SMARCAL1Q9NZC9 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
SMARCAL1Q9NZC9 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SMARCAL1Q9NZC9 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SMARCAL1Q9NZC9 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
SMARCAL1Q9NZC9 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
SMARCAL1Q9NZC9 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SMARCAL1Q9NZC9 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
SMARCAL1Q9NZC9 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
SMARCAL1Q9NZC9 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
SMARCAL1Q9NZC9 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SMARCAL1Q9NZC9 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SMARCAL1Q9NZC9 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SMARCAL1Q9NZC9 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
SMARCAL1Q9NZC9 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
SMARCAL1Q9NZC9 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SMARCAL1Q9NZC9 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
SMARCAL1Q9NZC9 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
SMARCAL1Q9NZC9 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
SMARCAL1Q9NZC9 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
SMARCAL1Q9NZC9 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
SMARCAL1Q9NZC9 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
SMARCAL1Q9NZC9 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
SMARCAL1Q9NZC9 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
SMARCAL1Q9NZC9 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
SMARCAL1Q9NZC9 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
SMARCAL1Q9NZC9 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
SMARCAL1Q9NZC9 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
SMARCAL1Q9NZC9 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
SMARCAL1Q9NZC9 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
SMARCAL1Q9NZC9 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.97
SMARCAL1Q9NZC9 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC27.38■■□□□ 1.97
SMARCAL1Q9NZC9 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SMARCAL1Q9NZC9 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
SMARCAL1Q9NZC9 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
SMARCAL1Q9NZC9 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
SMARCAL1Q9NZC9 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
SMARCAL1Q9NZC9 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
SMARCAL1Q9NZC9 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
SMARCAL1Q9NZC9 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
SMARCAL1Q9NZC9 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
SMARCAL1Q9NZC9 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
SMARCAL1Q9NZC9 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
SMARCAL1Q9NZC9 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC27.35■■□□□ 1.97
SMARCAL1Q9NZC9 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
SMARCAL1Q9NZC9 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
SMARCAL1Q9NZC9 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
SMARCAL1Q9NZC9 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
SMARCAL1Q9NZC9 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
SMARCAL1Q9NZC9 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
SMARCAL1Q9NZC9 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
SMARCAL1Q9NZC9 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
SMARCAL1Q9NZC9 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
SMARCAL1Q9NZC9 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
SMARCAL1Q9NZC9 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
SMARCAL1Q9NZC9 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC27.3■■□□□ 1.96
SMARCAL1Q9NZC9 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
SMARCAL1Q9NZC9 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
SMARCAL1Q9NZC9 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
SMARCAL1Q9NZC9 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
SMARCAL1Q9NZC9 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
SMARCAL1Q9NZC9 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
SMARCAL1Q9NZC9 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
SMARCAL1Q9NZC9 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
SMARCAL1Q9NZC9 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC27.28■■□□□ 1.96
SMARCAL1Q9NZC9 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
SMARCAL1Q9NZC9 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
SMARCAL1Q9NZC9 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
SMARCAL1Q9NZC9 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.7 ms