Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC33.79■■■■□ 3
CHMP4AQ9BY43 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC33.78■■■■□ 3
CHMP4AQ9BY43 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
CHMP4AQ9BY43 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.78■■■■□ 3
CHMP4AQ9BY43 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC33.77■■■■□ 3
CHMP4AQ9BY43 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC33.76■■■□□ 2.99
CHMP4AQ9BY43 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC33.75■■■□□ 2.99
CHMP4AQ9BY43 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC33.74■■■□□ 2.99
CHMP4AQ9BY43 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
CHMP4AQ9BY43 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
CHMP4AQ9BY43 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
CHMP4AQ9BY43 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
CHMP4AQ9BY43 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
CHMP4AQ9BY43 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC33.71■■■□□ 2.99
CHMP4AQ9BY43 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC33.71■■■□□ 2.99
CHMP4AQ9BY43 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
CHMP4AQ9BY43 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
CHMP4AQ9BY43 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.7■■■□□ 2.99
CHMP4AQ9BY43 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
CHMP4AQ9BY43 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC33.7■■■□□ 2.98
CHMP4AQ9BY43 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.98
CHMP4AQ9BY43 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC33.69■■■□□ 2.98
CHMP4AQ9BY43 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
CHMP4AQ9BY43 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
CHMP4AQ9BY43 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
CHMP4AQ9BY43 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.67■■■□□ 2.98
CHMP4AQ9BY43 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
CHMP4AQ9BY43 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC33.67■■■□□ 2.98
CHMP4AQ9BY43 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC33.67■■■□□ 2.98
CHMP4AQ9BY43 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
CHMP4AQ9BY43 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
CHMP4AQ9BY43 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
CHMP4AQ9BY43 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC33.66■■■□□ 2.98
CHMP4AQ9BY43 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC33.64■■■□□ 2.98
CHMP4AQ9BY43 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
CHMP4AQ9BY43 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC33.63■■■□□ 2.97
CHMP4AQ9BY43 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
CHMP4AQ9BY43 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
CHMP4AQ9BY43 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.6■■■□□ 2.97
CHMP4AQ9BY43 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC33.59■■■□□ 2.97
CHMP4AQ9BY43 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
CHMP4AQ9BY43 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC33.59■■■□□ 2.97
CHMP4AQ9BY43 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC33.58■■■□□ 2.97
CHMP4AQ9BY43 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
CHMP4AQ9BY43 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
CHMP4AQ9BY43 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
CHMP4AQ9BY43 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.57■■■□□ 2.96
CHMP4AQ9BY43 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
CHMP4AQ9BY43 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC33.57■■■□□ 2.96
CHMP4AQ9BY43 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
CHMP4AQ9BY43 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC33.57■■■□□ 2.96
CHMP4AQ9BY43 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
CHMP4AQ9BY43 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
CHMP4AQ9BY43 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
CHMP4AQ9BY43 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC33.53■■■□□ 2.96
CHMP4AQ9BY43 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
CHMP4AQ9BY43 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
CHMP4AQ9BY43 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC33.52■■■□□ 2.96
CHMP4AQ9BY43 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC33.52■■■□□ 2.96
CHMP4AQ9BY43 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
CHMP4AQ9BY43 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.51■■■□□ 2.95
CHMP4AQ9BY43 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC33.51■■■□□ 2.95
CHMP4AQ9BY43 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC33.51■■■□□ 2.95
CHMP4AQ9BY43 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.95
CHMP4AQ9BY43 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC33.51■■■□□ 2.95
CHMP4AQ9BY43 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.5■■■□□ 2.95
CHMP4AQ9BY43 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC33.49■■■□□ 2.95
CHMP4AQ9BY43 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC33.49■■■□□ 2.95
CHMP4AQ9BY43 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
CHMP4AQ9BY43 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC33.46■■■□□ 2.95
CHMP4AQ9BY43 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.45■■■□□ 2.95
CHMP4AQ9BY43 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC33.45■■■□□ 2.95
CHMP4AQ9BY43 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
CHMP4AQ9BY43 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CHMP4AQ9BY43 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CHMP4AQ9BY43 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CHMP4AQ9BY43 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC33.44■■■□□ 2.94
CHMP4AQ9BY43 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC33.44■■■□□ 2.94
CHMP4AQ9BY43 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
CHMP4AQ9BY43 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
CHMP4AQ9BY43 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
CHMP4AQ9BY43 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
CHMP4AQ9BY43 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
CHMP4AQ9BY43 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC33.41■■■□□ 2.94
CHMP4AQ9BY43 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.41■■■□□ 2.94
CHMP4AQ9BY43 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
CHMP4AQ9BY43 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.4■■■□□ 2.94
CHMP4AQ9BY43 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC33.4■■■□□ 2.94
CHMP4AQ9BY43 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC33.39■■■□□ 2.94
CHMP4AQ9BY43 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC33.39■■■□□ 2.94
CHMP4AQ9BY43 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
CHMP4AQ9BY43 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
CHMP4AQ9BY43 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CHMP4AQ9BY43 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
CHMP4AQ9BY43 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC33.37■■■□□ 2.93
CHMP4AQ9BY43 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
CHMP4AQ9BY43 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC33.35■■■□□ 2.93
CHMP4AQ9BY43 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC33.35■■■□□ 2.93
CHMP4AQ9BY43 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC33.34■■■□□ 2.93
CHMP4AQ9BY43 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22 ms