Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC3Q9BQI4 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC3Q9BQI4 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC3Q9BQI4 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC3Q9BQI4 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC3Q9BQI4 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC3Q9BQI4 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC3Q9BQI4 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC3Q9BQI4 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC3Q9BQI4 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC3Q9BQI4 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC3Q9BQI4 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC3Q9BQI4 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC3Q9BQI4 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC3Q9BQI4 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC3Q9BQI4 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC3Q9BQI4 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC3Q9BQI4 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC3Q9BQI4 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC3Q9BQI4 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC3Q9BQI4 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC3Q9BQI4 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC3Q9BQI4 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC3Q9BQI4 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC3Q9BQI4 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC3Q9BQI4 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC3Q9BQI4 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
CCDC3Q9BQI4 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC3Q9BQI4 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC3Q9BQI4 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC3Q9BQI4 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC3Q9BQI4 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC3Q9BQI4 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC3Q9BQI4 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 95 ms