Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
SYNE4Q8N205 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC33.27■■■□□ 2.92
SYNE4Q8N205 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC33.27■■■□□ 2.92
SYNE4Q8N205 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC33.27■■■□□ 2.92
SYNE4Q8N205 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC33.26■■■□□ 2.91
SYNE4Q8N205 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
SYNE4Q8N205 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
SYNE4Q8N205 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC33.25■■■□□ 2.91
SYNE4Q8N205 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC33.24■■■□□ 2.91
SYNE4Q8N205 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC33.24■■■□□ 2.91
SYNE4Q8N205 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
SYNE4Q8N205 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
SYNE4Q8N205 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC33.23■■■□□ 2.91
SYNE4Q8N205 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC33.23■■■□□ 2.91
SYNE4Q8N205 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
SYNE4Q8N205 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
SYNE4Q8N205 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
SYNE4Q8N205 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
SYNE4Q8N205 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
SYNE4Q8N205 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC33.22■■■□□ 2.91
SYNE4Q8N205 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
SYNE4Q8N205 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
SYNE4Q8N205 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
SYNE4Q8N205 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
SYNE4Q8N205 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
SYNE4Q8N205 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
SYNE4Q8N205 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC33.17■■■□□ 2.9
SYNE4Q8N205 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.16■■■□□ 2.9
SYNE4Q8N205 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
SYNE4Q8N205 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
SYNE4Q8N205 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC33.14■■■□□ 2.9
SYNE4Q8N205 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC33.14■■■□□ 2.9
SYNE4Q8N205 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
SYNE4Q8N205 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
SYNE4Q8N205 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC33.13■■■□□ 2.89
SYNE4Q8N205 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.13■■■□□ 2.89
SYNE4Q8N205 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC33.12■■■□□ 2.89
SYNE4Q8N205 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC33.11■■■□□ 2.89
SYNE4Q8N205 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
SYNE4Q8N205 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.08■■■□□ 2.89
SYNE4Q8N205 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
SYNE4Q8N205 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC33.07■■■□□ 2.88
SYNE4Q8N205 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
SYNE4Q8N205 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
SYNE4Q8N205 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
SYNE4Q8N205 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
SYNE4Q8N205 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC33.06■■■□□ 2.88
SYNE4Q8N205 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
SYNE4Q8N205 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
SYNE4Q8N205 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC33.05■■■□□ 2.88
SYNE4Q8N205 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
SYNE4Q8N205 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
SYNE4Q8N205 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
SYNE4Q8N205 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC33.04■■■□□ 2.88
SYNE4Q8N205 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
SYNE4Q8N205 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
SYNE4Q8N205 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
SYNE4Q8N205 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC33.01■■■□□ 2.88
SYNE4Q8N205 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.01■■■□□ 2.87
SYNE4Q8N205 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
SYNE4Q8N205 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
SYNE4Q8N205 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC32.97■■■□□ 2.87
SYNE4Q8N205 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
SYNE4Q8N205 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
SYNE4Q8N205 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC32.96■■■□□ 2.87
SYNE4Q8N205 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC32.96■■■□□ 2.87
SYNE4Q8N205 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC32.96■■■□□ 2.87
SYNE4Q8N205 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC32.96■■■□□ 2.87
SYNE4Q8N205 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC32.96■■■□□ 2.87
SYNE4Q8N205 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC32.96■■■□□ 2.87
SYNE4Q8N205 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC32.96■■■□□ 2.87
SYNE4Q8N205 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC32.96■■■□□ 2.87
SYNE4Q8N205 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC32.96■■■□□ 2.87
SYNE4Q8N205 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC32.96■■■□□ 2.87
SYNE4Q8N205 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
SYNE4Q8N205 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
SYNE4Q8N205 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC32.95■■■□□ 2.87
SYNE4Q8N205 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC32.95■■■□□ 2.87
SYNE4Q8N205 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
SYNE4Q8N205 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
SYNE4Q8N205 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
SYNE4Q8N205 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
SYNE4Q8N205 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
SYNE4Q8N205 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.94■■■□□ 2.86
SYNE4Q8N205 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
SYNE4Q8N205 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
SYNE4Q8N205 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
SYNE4Q8N205 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC32.93■■■□□ 2.86
SYNE4Q8N205 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
SYNE4Q8N205 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
SYNE4Q8N205 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
SYNE4Q8N205 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
SYNE4Q8N205 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC32.9■■■□□ 2.86
SYNE4Q8N205 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.9■■■□□ 2.86
SYNE4Q8N205 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC32.9■■■□□ 2.86
SYNE4Q8N205 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.89■■■□□ 2.86
SYNE4Q8N205 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.89■■■□□ 2.86
SYNE4Q8N205 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC32.87■■■□□ 2.85
SYNE4Q8N205 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC32.87■■■□□ 2.85
SYNE4Q8N205 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms