Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC30.86■■■□□ 2.53
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
SYNE3Q6ZMZ3 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC30.86■■■□□ 2.53
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC30.86■■■□□ 2.53
SYNE3Q6ZMZ3 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.85■■■□□ 2.53
SYNE3Q6ZMZ3 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
SYNE3Q6ZMZ3 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
SYNE3Q6ZMZ3 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
SYNE3Q6ZMZ3 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
SYNE3Q6ZMZ3 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
SYNE3Q6ZMZ3 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
SYNE3Q6ZMZ3 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
SYNE3Q6ZMZ3 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
SYNE3Q6ZMZ3 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC30.8■■■□□ 2.52
SYNE3Q6ZMZ3 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
SYNE3Q6ZMZ3 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
SYNE3Q6ZMZ3 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC30.79■■■□□ 2.52
SYNE3Q6ZMZ3 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
SYNE3Q6ZMZ3 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.79■■■□□ 2.52
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
SYNE3Q6ZMZ3 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC30.78■■■□□ 2.52
SYNE3Q6ZMZ3 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
SYNE3Q6ZMZ3 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
SYNE3Q6ZMZ3 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
SYNE3Q6ZMZ3 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.77■■■□□ 2.52
SYNE3Q6ZMZ3 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC30.76■■■□□ 2.51
SYNE3Q6ZMZ3 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
SYNE3Q6ZMZ3 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
SYNE3Q6ZMZ3 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
SYNE3Q6ZMZ3 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
SYNE3Q6ZMZ3 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC30.75■■■□□ 2.51
SYNE3Q6ZMZ3 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
SYNE3Q6ZMZ3 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC30.74■■■□□ 2.51
SYNE3Q6ZMZ3 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.74■■■□□ 2.51
SYNE3Q6ZMZ3 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.72■■■□□ 2.51
SYNE3Q6ZMZ3 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
SYNE3Q6ZMZ3 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
SYNE3Q6ZMZ3 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
SYNE3Q6ZMZ3 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC30.71■■■□□ 2.51
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
SYNE3Q6ZMZ3 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC30.69■■■□□ 2.5
SYNE3Q6ZMZ3 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
SYNE3Q6ZMZ3 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
SYNE3Q6ZMZ3 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
SYNE3Q6ZMZ3 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.67■■■□□ 2.5
SYNE3Q6ZMZ3 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
SYNE3Q6ZMZ3 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
SYNE3Q6ZMZ3 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC30.66■■■□□ 2.5
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC30.65■■■□□ 2.5
SYNE3Q6ZMZ3 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC30.65■■■□□ 2.5
SYNE3Q6ZMZ3 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC30.65■■■□□ 2.5
SYNE3Q6ZMZ3 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
SYNE3Q6ZMZ3 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
SYNE3Q6ZMZ3 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC30.64■■■□□ 2.5
SYNE3Q6ZMZ3 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.49
SYNE3Q6ZMZ3 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.49
SYNE3Q6ZMZ3 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
SYNE3Q6ZMZ3 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
SYNE3Q6ZMZ3 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
SYNE3Q6ZMZ3 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
SYNE3Q6ZMZ3 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC30.63■■■□□ 2.49
SYNE3Q6ZMZ3 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC30.62■■■□□ 2.49
SYNE3Q6ZMZ3 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
SYNE3Q6ZMZ3 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
SYNE3Q6ZMZ3 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
SYNE3Q6ZMZ3 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC30.61■■■□□ 2.49
SYNE3Q6ZMZ3 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.61■■■□□ 2.49
SYNE3Q6ZMZ3 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC30.61■■■□□ 2.49
SYNE3Q6ZMZ3 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
SYNE3Q6ZMZ3 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.61■■■□□ 2.49
SYNE3Q6ZMZ3 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
SYNE3Q6ZMZ3 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
SYNE3Q6ZMZ3 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC30.6■■■□□ 2.49
SYNE3Q6ZMZ3 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC30.59■■■□□ 2.49
SYNE3Q6ZMZ3 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
SYNE3Q6ZMZ3 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
SYNE3Q6ZMZ3 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
SYNE3Q6ZMZ3 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
SYNE3Q6ZMZ3 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
SYNE3Q6ZMZ3 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC30.56■■■□□ 2.48
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
SYNE3Q6ZMZ3 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
SYNE3Q6ZMZ3 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC30.55■■■□□ 2.48
SYNE3Q6ZMZ3 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC30.55■■■□□ 2.48
SYNE3Q6ZMZ3 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
SYNE3Q6ZMZ3 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC30.54■■■□□ 2.48
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
SYNE3Q6ZMZ3 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.54■■■□□ 2.48
SYNE3Q6ZMZ3 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC30.54■■■□□ 2.48
SYNE3Q6ZMZ3 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
SYNE3Q6ZMZ3 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
SYNE3Q6ZMZ3 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC30.53■■■□□ 2.48
SYNE3Q6ZMZ3 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
SYNE3Q6ZMZ3 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.1 ms