Protein–RNA interactions for Protein: P55072

VCP, Transitional endoplasmic reticulum ATPase, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 806 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCPP55072 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
VCPP55072 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
VCPP55072 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
VCPP55072 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
VCPP55072 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
VCPP55072 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC28.07■■■□□ 2.08
VCPP55072 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
VCPP55072 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
VCPP55072 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
VCPP55072 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
VCPP55072 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
VCPP55072 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
VCPP55072 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
VCPP55072 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
VCPP55072 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
VCPP55072 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
VCPP55072 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
VCPP55072 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
VCPP55072 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
VCPP55072 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
VCPP55072 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
VCPP55072 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
VCPP55072 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
VCPP55072 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
VCPP55072 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
VCPP55072 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
VCPP55072 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
VCPP55072 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
VCPP55072 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
VCPP55072 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
VCPP55072 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
VCPP55072 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
VCPP55072 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
VCPP55072 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
VCPP55072 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
VCPP55072 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
VCPP55072 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
VCPP55072 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
VCPP55072 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
VCPP55072 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
VCPP55072 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.06
VCPP55072 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
VCPP55072 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
VCPP55072 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
VCPP55072 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
VCPP55072 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
VCPP55072 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
VCPP55072 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
VCPP55072 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
VCPP55072 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC27.86■■■□□ 2.05
VCPP55072 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
VCPP55072 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
VCPP55072 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
VCPP55072 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
VCPP55072 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
VCPP55072 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
VCPP55072 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
VCPP55072 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
VCPP55072 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
VCPP55072 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
VCPP55072 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
VCPP55072 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
VCPP55072 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
VCPP55072 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
VCPP55072 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
VCPP55072 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
VCPP55072 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
VCPP55072 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
VCPP55072 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
VCPP55072 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
VCPP55072 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
VCPP55072 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC27.81■■■□□ 2.04
VCPP55072 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
VCPP55072 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
VCPP55072 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
VCPP55072 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
VCPP55072 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
VCPP55072 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
VCPP55072 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
VCPP55072 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
VCPP55072 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
VCPP55072 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
VCPP55072 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
VCPP55072 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC27.78■■■□□ 2.04
VCPP55072 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
VCPP55072 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
VCPP55072 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
VCPP55072 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
VCPP55072 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.03
VCPP55072 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
VCPP55072 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
VCPP55072 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
VCPP55072 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
VCPP55072 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
VCPP55072 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
VCPP55072 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
VCPP55072 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
VCPP55072 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
VCPP55072 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
VCPP55072 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.9 ms