Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIG3P49916 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIG3P49916 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIG3P49916 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIG3P49916 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIG3P49916 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
LIG3P49916 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIG3P49916 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIG3P49916 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
LIG3P49916 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIG3P49916 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIG3P49916 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIG3P49916 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIG3P49916 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
LIG3P49916 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
LIG3P49916 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
LIG3P49916 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
LIG3P49916 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
LIG3P49916 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
LIG3P49916 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
LIG3P49916 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIG3P49916 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
LIG3P49916 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
LIG3P49916 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIG3P49916 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
LIG3P49916 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
LIG3P49916 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
LIG3P49916 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIG3P49916 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
LIG3P49916 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIG3P49916 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIG3P49916 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIG3P49916 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIG3P49916 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIG3P49916 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIG3P49916 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
LIG3P49916 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIG3P49916 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIG3P49916 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIG3P49916 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIG3P49916 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIG3P49916 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIG3P49916 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
LIG3P49916 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
LIG3P49916 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
LIG3P49916 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
LIG3P49916 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
LIG3P49916 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIG3P49916 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIG3P49916 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIG3P49916 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIG3P49916 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIG3P49916 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG3P49916 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG3P49916 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG3P49916 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIG3P49916 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIG3P49916 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
LIG3P49916 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
LIG3P49916 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIG3P49916 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIG3P49916 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIG3P49916 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIG3P49916 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
LIG3P49916 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIG3P49916 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
LIG3P49916 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
LIG3P49916 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
LIG3P49916 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
LIG3P49916 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
LIG3P49916 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
LIG3P49916 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIG3P49916 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIG3P49916 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
LIG3P49916 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
LIG3P49916 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC26.88■■□□□ 1.89
LIG3P49916 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC26.88■■□□□ 1.89
LIG3P49916 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
LIG3P49916 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
LIG3P49916 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
LIG3P49916 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
LIG3P49916 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
LIG3P49916 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
LIG3P49916 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
LIG3P49916 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
LIG3P49916 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
LIG3P49916 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
LIG3P49916 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
LIG3P49916 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
LIG3P49916 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
LIG3P49916 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
LIG3P49916 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
LIG3P49916 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
LIG3P49916 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
LIG3P49916 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
LIG3P49916 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
LIG3P49916 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
LIG3P49916 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
LIG3P49916 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
LIG3P49916 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.7 ms