Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
PTPN4P29074 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
PTPN4P29074 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
PTPN4P29074 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
PTPN4P29074 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
PTPN4P29074 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
PTPN4P29074 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
PTPN4P29074 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
PTPN4P29074 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC26.09■■□□□ 1.77
PTPN4P29074 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC26.09■■□□□ 1.77
PTPN4P29074 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
PTPN4P29074 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
PTPN4P29074 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
PTPN4P29074 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
PTPN4P29074 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.77
PTPN4P29074 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
PTPN4P29074 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
PTPN4P29074 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
PTPN4P29074 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
PTPN4P29074 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
PTPN4P29074 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
PTPN4P29074 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
PTPN4P29074 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
PTPN4P29074 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
PTPN4P29074 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
PTPN4P29074 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
PTPN4P29074 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC26.04■■□□□ 1.76
PTPN4P29074 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
PTPN4P29074 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
PTPN4P29074 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
PTPN4P29074 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
PTPN4P29074 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
PTPN4P29074 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC25.99■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC25.97■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
PTPN4P29074 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
PTPN4P29074 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC25.95■■□□□ 1.74
PTPN4P29074 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
PTPN4P29074 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
PTPN4P29074 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
PTPN4P29074 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
PTPN4P29074 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
PTPN4P29074 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
PTPN4P29074 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
PTPN4P29074 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
PTPN4P29074 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
PTPN4P29074 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
PTPN4P29074 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
PTPN4P29074 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
PTPN4P29074 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
PTPN4P29074 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
PTPN4P29074 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
PTPN4P29074 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
PTPN4P29074 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
PTPN4P29074 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
PTPN4P29074 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
PTPN4P29074 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
PTPN4P29074 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
PTPN4P29074 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
PTPN4P29074 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
PTPN4P29074 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
PTPN4P29074 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
PTPN4P29074 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
PTPN4P29074 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
PTPN4P29074 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
PTPN4P29074 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
PTPN4P29074 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
PTPN4P29074 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
PTPN4P29074 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
PTPN4P29074 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
PTPN4P29074 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
PTPN4P29074 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.2 ms